目标区域序列提取

　　分析模块，输入bed区间信息文件和fasta序列文件，根据区间信息提取fasta文件中对应的序列信息。

　　输入：

       1、fasta格式的序列文件。

>chr1

ATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCAATCGCCGTATTCACTAACACCG

CGTCGGCCCCCATTTCCAGCGCCTGCGCGGCATGGCTGGGAACGCCGATGCCAGCATCGA

>chr2

……

>chr3

……

       2、bed格式的区间信息文件。

chr1   2000         4000

chr2   13500       15000

chr3   23000       25000

　　输出：

　　根据bed区间提取的序列文件（fasta格式）。

　　示例：

>chr1:2000-4000

ATCGCCAGCCGCCAGTAATCGTTG

>chr2: 13500-15000

……

>chr3: 23000-25000

……

　　分析模块引用了bedtools v2-2.20.1软件中的getfasta命令进行序列的提取（http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/）。

相关文献如下所示：

Quinlan AR and Hall IM, 2010. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features. Bioinformatics. 26, 6, pp. 841–842.