FPKM matrix log2 transform(矩阵数值log2变换)
分析模块,输入FPKM矩阵,对数值进行log2对数变换。
如果选择:log2_transform,value = log2(fpkm+1)。
如果选择:log2_transform_median_center,value = log2(fpkm+1) – median(log2(fpkm+1)), 其中median(log2(fpkm+1))为一行中fpkm取对数之后的中位数,逐行处理。
输入:
FPKM矩阵(FPKM Matrix)。
示例:
T4 T5 T6 T7 T8 T9
BM590_A0001 390.11 379.54 386.52 288.73 372.47 327.73
BM590_A0002 350.06 310.51 328.78 175.32 249.21 210.62
BM590_A0003 222.52 219.54 209.39 174.45 97.20 240.38
BM590_A0004 406.46 494.13 414.62 825.09 2678.41 555.67
BM590_A0005 605.70 755.09 643.55 1184.73 2980.14 568.58
BM590_A0006 306.72 311.16 351.08 282.26 204.19 310.56
BM590_A0007 263.99 218.94 225.39 18.38 82.37 81.27
BM590_A0008 284.78 277.01 285.01 125.51 101.45 211.67
……
输出:
FPKM对数变换后的矩阵。
示例:
T4 T5 T6 T7 T8 T9
BM590_A0001 8.61 8.57 8.60 8.18 8.54 8.36
BM590_A0002 8.46 8.28 8.37 7.46 7.97 7.73
BM590_A0003 7.80 7.78 7.72 7.45 6.62 7.92
BM590_A0004 8.67 8.95 8.70 9.69 11.39 9.12
BM590_A0005 9.24 9.56 9.33 10.21 11.54 9.15
BM590_A0006 8.27 8.29 8.46 8.15 7.68 8.28
BM590_A0007 8.05 7.78 7.82 4.28 6.38 6.36
BM590_A0008 8.16 8.12 8.16 6.98 6.68 7.73
……