Replicates to Sample averages(组内样品求fpkm均值)
分析模块,输入FPKM矩阵和重复样分组信息文件。根据分组信息,计算每个分组内样品的FPKM均值,并输出计算后的均值结果。
输入:
1、FPKM矩阵(FPKM Matrix)。
示例:
T4 T5 T6 T7 T8 T9
BM590_A0001 390.11 379.54 386.52 288.73 372.47 327.73
BM590_A0002 350.06 310.51 328.78 175.32 249.21 210.62
BM590_A0003 222.52 219.54 209.39 174.45 97.20 240.38
BM590_A0004 406.46 494.13 414.62 825.09 2678.41 555.67
BM590_A0005 605.70 755.09 643.55 1184.73 2980.14 568.58
BM590_A0006 306.72 311.16 351.08 282.26 204.19 310.56
BM590_A0007 263.99 218.94 225.39 18.38 82.37 81.27
BM590_A0008 284.78 277.01 285.01 125.51 101.45 211.67
……
2、分组信息文件。其中,第一列为样品名称,第二列为分组名称。
示例:
T4 group1
T5 group1
T6 group1
T7 group2
T8 group2
T9 group2
输出:
分组内FKPM均值计算后的结果矩阵。
示例:
group1 group2
BM590_A0001 385.390 329.643
BM590_A0002 329.783 211.717
BM590_A0003 217.150 170.677
BM590_A0004 438.403 1353.057
BM590_A0005 668.113 1577.817
BM590_A0006 322.987 265.670
BM590_A0007 236.107 60.673
BM590_A0008 282.267 146.210
……