Plot FPKM distribution for all samples(FPKM分布曲线)
分析模块,输入FPKM矩阵,绘制样品表达量密度图。
一般而言,表达差异基因的数量只占整体基因的小部分,少量的差异表达基因对样品的表达量分布没有太大影响。多数情况下,样品应该具有类似的表达量分布情况。
输入:
FPKM矩阵(FPKM Matrix)。
示例:
T4 T5 T6 T7 T8 T9
BM590_A0001 390.11 379.54 386.52 288.73 372.47 327.73
BM590_A0002 350.06 310.51 328.78 175.32 249.21 210.62
BM590_A0003 222.52 219.54 209.39 174.45 97.20 240.38
BM590_A0004 406.46 494.13 414.62 825.09 2678.41 555.67
BM590_A0005 605.70 755.09 643.55 1184.73 2980.14 568.58
BM590_A0006 306.72 311.16 351.08 282.26 204.19 310.56
……
输出:
FPKM分布图。
示例:
注:对每个样品的基因表达量,取以2为底的对数后,做出密度分布图。横坐标为log2(fpkm+1),纵坐标为基因的密度,即为对应横轴表达量的基因数 / 检测已表达基因的总数。
图中每种颜色表示一个样品,所有概率的总和为1,即每个区域的面积均为1;密度曲线的峰值表示整个样品基因表达量最集中的区域。
分析模块引用R语言(v3.2.1)中的density函数进行密度分布曲线的计算。