差异基因调控网络图

　　分析模块，输入差异基因FPKM矩阵，和转录因子列表文件（转录因子必须包含在差异基因FPKM矩阵中）。两两间的基因（包含转录因子）进行相关性检验，根据设定的相关系数与p值阈值，如果两两基因相关性分析满足阈值，则两两基因之间具有连通性，即两两基因之间在网络图上存在边。分析模块会生成网络图gml文件。gml文件，可通过Import方式导入到Cytoscape软件中，进行可视化作图，在Cytoscape软件中生成对应的调控网络图。

　　输入：

       1、差异基因FPKM矩阵（过滤FPKM矩阵中，非差异表达基因对应的行）。

       ！！不能使用包含非差异表达基因的原始FPKM矩阵。

　　示例：

        T4    T5    T6    T7    T8    T9

BM590_A0004         406.46      494.13      414.62      825.09      2678.41    555.67

BM590_A0005         605.70      755.09      643.55      1184.73    2980.14    568.58

BM590_A0015         382.41      435.68      435.09      667.24      1664.78    511.53

BM590_A0021         305.80      347.07      323.75      151.16      57.04        252.18

BM590_A0025         82.60        71.30        83.22        95.78        311.02      96.31

BM590_A0028         389.64      441.62      387.26      1020.02    5531.28    345.31

BM590_A0046         295.72      291.23      379.24      308.84      92.26        517.02

……

      2、转录因子列表文件（转录因子必须包含在差异基因FPKM矩阵中）。

　　示例：

BM590_A1208

BM590_A2108

BM590_A0215

BM590_A1759

BM590_A1256

BM590_A2152

BM590_A2107

BM590_A1854

BM590_A1530

BM590_A2143

　　输出：

　　调控网络gml文件。

　　示例：

graph [

graph [

]

name ""

node [

   id 0

   label "BM590_B0721"

   color "lightslateblue"

   fillcolor "lightslateblue"

]

node [

   id 1

   label "BM590_B0437"

   color "lightslateblue"

   fillcolor "lightslateblue"

]…….

　　注：

　　在Cytoscape中，通过左上方的File选项 –> Import -> Network -> File。导入对应的gml文件。

　　通过上方的layout选项 -> yFiles Layouts -> Organic。设置节点布局为organic。

　　通过左方的Style选项卡 -> Node -> Fill Color栏 -> 点击右侧三角展开 -> Column选项，选择fillcolor -> Mapping Type选项，选择Passthrough Mapping。将调控因子节点设为红色，其他节点设为天蓝色。

　　通过左方的Style选项卡 -> Node -> Shape栏 -> 点击前端的第一个小方框   -> 选择Ellipse。将节点性状设置为椭圆。

　　得到如下所示的网络图，其中，每个节点代表一个基因，每条边代表基因间存在连通（样本中，表达模式具有强相关性），红色节点代表调控因子，天蓝色节点代表其他基因。

　　通常，调控因子的连通性更强，即与之关联的边的数量更多，基本会处于网络的中心位置。

　　如需，更进一步的调整和作图，参考Cytoscape官网教程：　（http://www.cytoscape.org/documentation_users.html）。

　　其中，示例用Cytoscape版本为：3.3.0，Java版本为：1.8.0_74。

　　分析模块引用了R语言（v3.2.3）Hmisc包（v3.16-0）中的rcorr函数进行相关性检验。

　　分析模块引用了Python（v2.7.9）语言networkx库（v1.10rc2）生成网络图gml文件。