丰度表过滤

Filter OTU/Taxon Table(丰度表过滤)


分析模块对低丰度的OTU进行过滤。


输入:

OTU Table文件:

OTU ID     Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

OTU1        0       0       0       0       0       6       34     104   367   254

OTU2        52     335   18     49     0       0       0       0       0       0

OTU3        0       0       0       0       5       0       0       0       0       0


设置参数:

48.jpg

注:每个OTU对应的一行求和值不小于500,并且一行求和的百分比不低于1%。设置任意小于0的值则过滤条件无效。


输出:

过滤后的OTU Table文件:

OTU ID     Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

OTU119   934   1237         856   404   90     267   271   61     424   367

OTU145   4834         93     12     16     5       1       0       1       9       17

OTU191   1       0       0       0       77     4647         6       29     27     12

OTU251   3209         3731         7070         4750         1993         482   96     749   4696         5951

OTU260   741   3344         271   569   0       1       1       0       0       0



分享