获取丰度最高的N个OTU

Select top N highest abundance rows in OTU/Taxon Table(获取丰度最高的N个OTU)


分析模块对每个OTU在所有样品中的丰度信息进行求和,输出丰度信息求和最高的OTU信息。


输入:

OTU Table文件:

OTU ID     Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

OTU1        0       0       0       0       0       6       34     104   367   254

OTU2        52     335   18     49     0       0       0       0       0       0

OTU3        0       0       0       0       5       0       0       0       0       0

设置参数,选择输出所有样品中,丰度信息求和最高的前20Top 20)。


输出:

丰度求和Top 20OTU Table文件(由大到小排序):

OTU ID     Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

OTU251   3209         3731         7070         4750         1993         482   96     749   4696         5951

OTU956   1967         204   79     671   12     76     2609         18370       3899         524

OTU932   13     24     125   10     1934         106   118   966   9766         3589

OTU524   36     778   292   11319       12     12     159   81     1864         362

OTU1053 2715         502   199   387   8       90     8733         417   644   128



分享
下一篇:生成OTU子表
上一篇:丰度表过滤