GO富集结果有向无环图

　　分析模块，输入差异基因GO富集分析结果，由分析模块“GO Enrichment Analysis”生成，选取GO富集结果中，前N的GO信息绘制对应的GO有向无环图。

　　输入：

　　差异基因GO富集分析结果文件，由分析模块“GO Enrichment Analysis”生成。

　　示例：

id      enrichment        description        ratio_in_study   ratio_in_pop     p_uncorrected   p_bonferroni    p_holm     p_sidak    p_fdr         namespace       genes_in_study

GO:0019843     e       rRNA binding    23/342      38/3357   2.62e-07   0.000774 0.000774 0.000755 n.a.   molecular_function         BM590_A2173;BM590_A1223;BM590_A1221;……

GO:0043228     e       non-membrane-bounded organelle   28/342      67/3357   2.86e-07   0.000847 0.000847 0.000826 n.a.         cellular_component BM590_A2173;BM590_A1223;BM590_A1221;……

GO:0043043     e       peptide biosynthetic process     34/342      67/3357   2.86e-07   0.000847 0.000847 0.000826 n.a.         biological_process    BM590_A2173;……

……

GO:0046394     p       carboxylic acid biosynthetic process          1/342        94/3357   0.000775 1       1       1       n.a.   biological_process         BM590_B0462

……

　　输出：

       1、GO有向无环图（只针对“ e ”，显著富集的结果进行作图）。

　　示例：

　　注：图中，分支代表包含关系，从上至下所定义的功能范围越来越小，每个节点代表一个GO Term。天蓝色节点是差异基因显著富集的GO Terms，标注了对应的GO描述信息和富集分析Fisher检验的p值，

       2、GO有向无环图gml文件，可导入到Cytoscape中进行可视化的展示和编辑。

注：

在Cytoscape中，通过左上方的File选项 –> Import -> Network -> File。导入对应的gml文件。

通过上方的layout选项 -> Hierarchical Layout。设置GO节点按分层方式布局。

通过左方的Style选项卡 -> Node -> Fill Color栏 -> 点击右侧三角展开 -> Column选项，选择fillcolor -> Mapping Type选项，选择Discrete Mapping -> 为下方的plum设置一种合适的颜色。将差异基因显著富集的GO Term节点标上不同的颜色。

通过左方的Style选项卡 -> Node -> Shape栏 -> 点击右侧三角展开 -> Column选项，选择fillcolor -> Mapping Type选项，选择Discrete Mapping -> 为下方的plum设置形状为椭圆（Ellipse）。将差异基因显著富集的GO Term节点的图案形状设置为椭圆。

通过左方的Style选项卡 -> Node -> Label Font Size栏 -> 点击前端的第一个小方框 -> 设置节点字体大小为8。

通过左方的Style选项卡 -> Node -> Width栏 -> 点击前端的第一个小方框 -> 设置节点图形宽度为50。

通过左方的Style选项卡 -> Edge -> Source Arrow Shape栏 -> 点击前端的第一个小方框 -> 设置线条形状为Arrow。

如需，更进一步的调整和作图，参考Cytoscape官网教程：（http://www.cytoscape.org/documentation_users.html）。

其中，示例用Cytoscape版本为：3.3.0，Java版本为：1.8.0_74。

　　分析模块引用了goatools（v0.5.7）软件（https://github.com/tanghaibao/goatools/）。

　　相关文献如下所示：

Haibao Tang et al. (2015). GOATOOLS: Tools for Gene Ontology. Zenodo. 10.5281/zenodo.31628.

GO(Gene Ontology) 是基因本体论联合会建立的数据库，适用于各物种，对基因和蛋白功能进行限定和描述。利用 GO 数据库，可以将基因按照它们参与的生物学过程、构成细胞的组分，实现的分子功能等进行分类。因此GO注释更加便于我们理解基因背后所代表的生物学意义。

！！更新GO结构关系和描述信息数据库，通过Gene Ontology官网链接（http://geneontology.org/ontology/go-basic.obo），下载最新的go-basic.obo文件，覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。