Plot GO Enrichment(GO富集散点图)
分析模块,输入差异基因GO富集分析结果,由分析模块“GO Enrichment Analysis”生成,输出GO富集散点图。
输入:
差异基因GO富集分析结果文件,由分析模块“GO Enrichment Analysis”生成。
示例:
id enrichment description ratio_in_study ratio_in_pop p_uncorrected p_bonferroni p_holm p_sidak p_fdr namespace genes_in_study
GO:0019843 e rRNA binding 23/342 38/3357 2.62e-07 0.000774 0.000774 0.000755 n.a. molecular_function BM590_A2173;BM590_A1223;BM590_A1221;……
GO:0043228 e non-membrane-bounded organelle 28/342 67/3357 2.86e-07 0.000847 0.000847 0.000826 n.a. cellular_component BM590_A2173;BM590_A1223;BM590_A1221;……
GO:0043043 e peptide biosynthetic process 34/342 67/3357 2.86e-07 0.000847 0.000847 0.000826 n.a. biological_process BM590_A2173;……
……
GO:0046394 p carboxylic acid biosynthetic process 1/342 94/3357 0.000775 1 1 1 n.a. biological_process BM590_B0462
……
输出:
GO富集散点图(只针对“ e ”,显著富集的结果进行作图)。
示例:
注:横轴表示富集因子,指富集到某个GO Term的差异基因个数与富集到该GO Term全部基因个数的比值,对于GO:0019843,为23/38;纵坐标表示富集到的GO Term功能描述;圆圈越大代表富集到此功能的差异基因个数相对越多;从蓝色到红色的色谱代表未修正的p-value值。
分析模块引用R语言(v3.2.1)ggplot2包(v2.2.1)中的geom_point相关功能进行GO富集散点图的绘制。