差异基因组KEGG注释   

　　分析模块，输入差异表达分析的结果文件，或其他tabular格式文件（制表符分隔的文本文件）。其中，输入文件的第一列必须为基因名。分析模块，将在输入文件的列尾追加对应基因的KEGG注释信息。

       ！！对于主要物种，软件团队从KEGG网站上，下载并整理了对应物种的KEGG注释信息。访问，VG软件官方网站：（http://www.vgenomics.cn/），进行下载。

　　输入：

       1、tabular格式文件，其中，第一列必须为基因名（如，差异表达分析结果文件）。

　　示例：

logFC        logCPM    PValue      FDR

BM590_A1245         6.15272596528251 10.165439565976    2.01452582830612e-13   6.76074867979534e-10

BM590_A0443         6.388071970219      8.77010041474787 5.5393222963017e-13     8.81028214004988e-10

BM590_A1217         5.79192615218837 11.4356964927694 8.31925670547754e-13   8.81028214004988e-10

BM590_A0295         5.83585380417396 10.5748693879181 1.05009322289033e-12   8.81028214004988e-10

BM590_A0086         5.69396789206391 12.1148088822143 1.32578171478056e-12   8.89864686960715e-10

……

       2、对应的KEGG注释信息文件，其中，第一列为基因名，第二列为对应的K号。Kddddd表示，在所有同源物种中具有相似结构和功能的一类同源蛋白。如K04456表示丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。

　　示例：

BM590_A0001         K02313

BM590_A0003         K03629

BM590_A0005         K12972

BM590_A0006         K13896

BM590_A0007         K13895

……

　　输出：

　　列尾追加对应基因KEGG注释信息的结果文件。

　　示例：

logFC        logCPM    PValue      FDR KEGG_Anno

BM590_A1245         6.15272596528251 10.165439565976    2.01452582830612e-13   6.76074867979534e-10   -

BM590_A0443         6.388071970219      8.77010041474787 5.5393222963017e-13     8.81028214004988e-10   K03704

BM590_A1217         5.79192615218837 11.4356964927694 8.31925670547754e-13   8.81028214004988e-10   -

BM590_A0295         5.83585380417396 10.5748693879181 1.05009322289033e-12   8.81028214004988e-10         K01430(ko00791;Atrazine degradation|ko00230;Purine metabolism|ko00220;Arginine biosynthesis)

BM590_A0086         5.69396789206391 12.1148088822143 1.32578171478056e-12   8.89864686960715e-10   K06890

　　注：

　　追加的列，Kddddd表示，在所有同源物种中具有相似结构和功能的一类同源蛋白，与输入的KEGG注释信息文件一致。如果具有代谢通路信息，通路信息以“ | ”符号分隔。koddddd表示，代谢通路名称，表示一个特定的生物路径。“ ; ”符号后的文本为对应代谢通路的描述。如果，对应的KEGG注释信息不存在，则用“ - ”符号代替。

　　分析模块引用了KOBAS（v2.0-20150126）软件（http://kobas.cbi.pku.edu.cn）。

　　相关文献如下所示：

       Xie, C., Mao, X., Huang, J., Ding, Y., Wu, J., Dong, S., Kong, L., Gao, G., Li, C. and Wei, L. (2011) KOBAS 2.0: a web server for annotation and identification of enriched pathways and diseases. Nucleic Acids Res, 39, W316-322.

       KEGG 库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes 数据库)：京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能、联系基因组信息和功能信息的知识库。利用KEGG数据库，可将基因按照参与的pathway通路或行使的功能分类。

       ！！更新KOBAS程序后台的KEGG数据库，通过KOBAS官网链接（http://kobas.cbi.pku.edu.cn/），下载最新的ko.db.gz文件，解压后覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。