公开数据库纯生信，5+HRDscore

HRR：DNA同源重组修复（Homologous Recombination Repair），是DNA双链损伤的重要修复方式。
HRD：同源重组修复缺陷（Homologous Recombination Deficiency），HRD是肿瘤组织常见的一种特征。
HRD marker：证据最全的HRD生物标记是胚系BRCA1/2突变，但是其它HRD相关基因突变（eg: PALB2, CDK12，RAD51, CHEK2, ATM等）也可能会引HRR通路失调进而引起HRD，诱导肿瘤细胞死亡。

HRD 得分: FDA获批的Myriad’s myChoice HRD检测综合基因组杂合性缺失(LOH)、端粒等位基因不平衡（TAI）、大片段迁移（LST）等进行评分，分值≥42分或BRCA突变者定义为HRD阳性。

HRD患者治疗：HRD患者肿瘤细胞对铂类药物或者PARP抑制剂更敏感，已用于临床，有显著的临床治疗效果。
文献分享1：
Detection of molecular signatures of homologous recombination deficiency in prostate cancer with or without BRCA1/2 mutations
携带or不携带BRCA1 / 2突变的前列腺癌同源重组缺陷的分子标记检测（2020 Jun 1）

数据：PRAD-CA, EOPC-DE, PRAD-UK队列前列腺全基因组测序数据、TCGA前列腺癌全外显子组测序数据

思路：研究使用基因组数据评估了HRD水平，已知的BRCA突变样本中发现了HRD相关的突变特征，在没有携带BRCA突变的样本中也检测到了相关突变特征，TCGA全外显子数据也得到了相似结果。基于HRD相关突变特征，预测5-8%的前列腺患者会因PARP抑制剂获益。

结果
1 、前列腺癌全基因组BRCA突变频率
2、 基于基因组疤痕的HRD得分比较，发现有部分样本未突变，HRD得分也大于42
3、 BRCA 功能缺失与突变特征的关系
4 、HRDetect 得分（不同突变特征间比较）
5 、其他HR相关基因的突变分析，未发现等位突变
6、肿瘤异质性分析，无明显差别
7、转移性前列腺癌的HRD得分和HRDetect得分比较

文献分享2：
Genomic Methods Identify Homologous Recombination Deficiency in Pancreas Adenocarcinoma and Optimize Treatment Selection
基因组方法识别胰腺癌同源重组缺陷并优化治疗选择（2020 Jul 1）
结果：
1 、胰腺癌中热点突变基因和HRD基因landscape
2、 胰腺癌不同铂治疗和非铂治疗患者生存
3 、不同突变状态的LST得分比较
4 、不同HR基因突变和基因特征的病人，在铂的影响下的生存比较
5 、基因组的方法识别HRD的一致性和稳定性评估



综上可以看出，围绕HRD展开的大部工作是研究HRD相关基因的突变情况，尤其是BRCA1/2的体细胞突变和胚系突变，基因组学识别HRD的准确性。没有涉及任何转录组学的研究。因此，那么是不是可以从基因组识别HRD分组出发，构建转录组的预后signature看看与基因组学识别的一致性呢？因此，生信人推出基于转录组学的HRD预后思路：
公开数据（自测数据更佳）纯生信

主体思路（部分图）：
1、分组看生存差异，以及HRDscore与临床特征分析

2、一系列降维操作识别构建转录组预后模型包含的HRD marker，构建预后模型



3、HRD转录组预后模型与基因组HRDscore对比

4、风险分组各层面差异（免疫浸润、铂类药物治疗、免疫治疗、突变等）


转自生信人

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