优质文献推送

CellSim: a novel software to calculate cell similarity and identify their co-regulation networks

【杂志】

BMC Bioinformatics

【时间】

4 March 2019

【链接】

https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-019-2699-3

细胞相似度对比。

第一组细胞somatic stem cell, osteoblast, neuronal stem cell；

第二组细胞stem cell, myoblast。

细胞类型预测，最相近的细胞为SMC-U（smooth muscle cells - uterine ）

ppsPCP: A Plant Presence/absence Variants Scanner and Pan-genome Construction Pipeline

【杂志】

Bioinformatics

【时间】

10/03/2019

【链接】

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btz168/5372683

植物泛基因组流程ppsPCP，能够扫描存在/缺失变异（PAV）并构建完全注释的泛基因组。研究者相信ppsPCP将有助于植物泛基因组研究，并帮助研究人员研究遗传/表型变异和基因组多样性。

Holistic optimization of an RNA-seq workflow for multi-threadedenvironments

【杂志】

Bioinformatics

【时间】

11 March 2019

【链接】

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz169

优化后和原始工作流程在运行时间（左）及内存使用情况（右）的比较图。

每一个比较，上方表示原始工作流程，下方表示优化后的工作流程。所有流程使用同一个工作台、同一套数据进行验证。运行时间及内存使用情况采用三次运行结果的中值。

作者针对原数据流程，主要在以下三个方面就流程进行了优化：

1. 合并相同wells产生的数据，产生独立文件后并行计算；

2. 在Split, Align 及Merge过程中增加并行性；

3. 使用C++代替python脚本，以消除python所产生的 dynamic typing 和 automatic garbage collection。

三个步骤的优化明显提升了速度，带来明显的收益。

Analysis of error profiles in deep next-generation sequencing data

【杂志】

Genome Biology

【时间】

14 March 2019

【链接】

https://doi.org/10.1186/s13059-019-1659-6

二代测序工作流程中的潜在错误来源。

目前 70% 的 hotspot variants 在 0.1 ~ 0.01% 的突变频率内可以被准确找到

A five-DNA methylation signature act as a novel prognostic biomarker in patients with ovarian serous cystadenocarcinoma

【杂志】

Clinical Epigenetics

【时间】

16 November 2018

【链接】

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30446011

亮点：这篇文章做到了表观遗传层面，用甲基化来构建生存模型。上图将文章所建立的甲基化预测模型，和已报道过的该疾病的模型进行逐一比较，很是少见。一般都是建立一个模型，然后ROC值较高就可以了。而该文则是对其他的marker进行比较，突出自己模型的优越性，或许也是吸引审稿人的一点。

MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through the combination of best-match and phylogenetic approaches

【杂志】

Microbiome

【时间】

4 March 2019

【链接】

https://doi.org/10.1186/s40168-019-0649-y

MetaCHIP的工作流程

MetaCHIP 是基于 Python 实现的，可以在 https://github.com/songweizhi/MetaCHIP 获取。