批处理：差异表达分析结果添加KEGG注释信息

　　分析模块，输入差异表达分析的HTML结果文件（链接所有样品或分组之间的差异表达分析结果），可由分析模块“Differential Expression Analysis”和“Parse Cuffdiff results”生成，或输入过滤后的差异表达HTML结果文件（链接所有过滤后的差异结果），由分析模块“Batch Mode: Filter DE Analysis Result”生成。其中，HTML文件链接的文件，对应的第一列必须为基因名。分析模块，将在列尾追加对应基因的KEGG注释信息。

　　模块为分析模块“Add KEGG Annotation”的批处理版本，对输入HTML文件中包含的链接文件进行批处理，输出相应处理后的HTML结果文件（链接批处理后的文件）。

      ！！对于主要物种，软件团队从KEGG网站上，下载并整理了对应物种的KEGG注释信息。访问，VG软件官方网站：（http://www.vgenomics.cn/），进行下载。

　　输入：

       1、差异表达分析的HTML结果文件（链接所有样品或分组之间的差异表达分析结果），或输入过滤后的差异表达HTML结果文件（链接所有过滤后的差异结果）。

示例（edgeR）：

       2、对应的KEGG注释信息文件，其中，第一列为基因名，第二列为对应的K号。Kddddd表示，在所有同源物种中具有相似结构和功能的一类同源蛋白。如K04456表示丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。

　　示例：

BM590_A0001         K02313

BM590_A0003         K03629

BM590_A0005         K12972

BM590_A0006         K13896

BM590_A0007         K13895

……

　　输出：

　　列尾追加对应基因KEGG注释信息的HTML结果文件（链接所有添加KEGG注释信息的结果）。

　　示例：

关于HTML链接的文件内容和格式。

*.DE_results文件参考分析模块“Differential Expression Analysis”、“Parse Cuffdiff results”的帮助文档。

*.Fi文件参考分析模块“Filter DE Analysis Result”的帮助文档。

*.KEGG_Anno文件参考分析模块“Add KEGG Annotation”的帮助文档。

分析模块引用了KOBAS（v2.0-20150126）软件（http://kobas.cbi.pku.edu.cn）。

　　相关文献如下所示：

Xie, C., Mao, X., Huang, J., Ding, Y., Wu, J., Dong, S., Kong, L., Gao, G., Li, C. and Wei, L. (2011) KOBAS 2.0: a web server for annotation and identification of enriched pathways and diseases. Nucleic Acids Res, 39, W316-322.

KEGG 库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes 数据库)：京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能、联系基因组信息和功能信息的知识库。利用KEGG数据库，可将基因按照参与的pathway通路或行使的功能分类。

！！更新KOBAS程序后台的KEGG数据库，通过KOBAS官网链接（http://kobas.cbi.pku.edu.cn/），下载最新的ko.db.gz文件，解压后覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。