Summary KEGG Enrichment(统计KEGG富集结果)
分析模块,输入差异基因KEGG富集分析HTML结果文件(链接所有KEGG富集分析的结果),得到样品或分组间的富集检验p值分布表。
输入:
差异基因KEGG富集分析HTML文件(链接所有KEGG富集分析的结果),由分析模块“Batch Mode: KEGG Enrichment Analysis”生成。
示例:
输出:
样品或分组间的富集检验p值分布表。
示例:
T4_vs_T5 T4_vs_T6 T4_vs_T7 T4_vs_T8 T4_vs_T9 T5_vs_T6 T5_vs_T7 T5_vs_T8 T5_vs_T9 T6_vs_T7 T6_vs_T8 T6_vs_T9 T7_vs_T8 T7_vs_T9 T8_vs_T9
ko00450 Selenocompound metabolism 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0474209796274
ko00240 Pyrimidine metabolism 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0401878042391
ko00410 beta-Alanine metabolism 1 1 1 1 0.0258385115652 1 1 1 0.0258385115652 1 1 0.0258385115652 1 1 1
ko00910 Nitrogen metabolism 1 1 1 0.0404766837162 1 1 1 1 1 1 0.0412839985471 1 0.00760136411042 1 1
ko00220 Arginine biosynthesis 1 1 1 1 1 1 0.033502338074 1 1 0.033502338074 1 1 1 1 1
……
注:行代表ko号,即代谢通路名称,列代表具体的样品或分组比较。数值表示富集分析中,对应ko通路进行检验的p值。如果在某个比较中,输出的KEGG_enrich文件中,定位不到对应的ko号,则检验p值用1表示。
在分析模块“Batch Mode: KEGG Enrichment Analysis”中,默认输出p小于0.05的结果,建议设为1。然后,利用本分析模块进行统计。
后续,可以利用分析模块“Make Distance HeatMap”对结果进行可视化展示。
示例: