KEGG注释文件统计

　　分析模块，输入KEGG注释信息文件，统计注释到通路（ko）中，对应的基因信息，输出统计结果。

      ！！对于主要物种，软件团队从KEGG网站上，下载并整理了对应物种的KEGG注释信息。访问，VG软件官方网站：（http://www.vgenomics.cn/），进行下载。

　　输入：

       KEGG注释信息文件，其中，第一列为基因名，第二列为对应的K号。Kddddd表示，在所有同源物种中具有相似结构和功能的一类同源蛋白。如K04456表示丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。

　　示例：

BM590_A0001         K02313

BM590_A0003         K03629

BM590_A0005         K12972

BM590_A0006         K13896

BM590_A0007         K13895

……

　　输出：

　　通路（ko）中基因信息统计结果。

　　示例：

#Term       Database ID     Number    Input         Hyperlink

Pantothenate and CoA biosynthesis KEGG PATHWAY     ko00770   9 BM590_A0097|BM590_A2072|BM590_A0677|BM590_A0358|BM590_A2054|BM590_A0310|BM590_A1382|BM590_B0909|BM590_A0357      http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00770/K17723%09red/K00997%09red/K00859%09red/K00053%09red/K01687%09red/K00606%09red/K01918%09red/K00867%09red

RNA degradation      KEGG PATHWAY     ko03018   9 BM590_A0760|BM590_A2048|BM590_A2114|BM590_A1110|BM590_A0920|BM590_A1548|BM590_A1826|BM590_A1050|BM590_A0827      http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko03018/K08311%09red/K00970%09red/K08300%09red/K11927%09red/K03666%09red/K03628%09red/K12574%09red/K00937%09red/K04043%09red

beta-Alanine metabolism KEGG PATHWAY     ko00410   9 BM590_B0872|BM590_B0990|BM590_B0759|BM590_B0890|BM590_B0891|BM590_A0217|BM590_B0640|BM590_A0310|BM590_A0357      http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00410/K00128%09red/K17723%09red/K01918%09red/K01782%09red/K00822%09red

……

　　注：

　　其中，每一列的含义如下所示：

l   #Term，代谢通路描述。

l   Database ，数据库类型。

l   ID，ko号，代谢通路名称，表示一个特定的生物路径。

l   Number，该通路中的基因个数。

l   Input，对应的具体基因，以“ | ”符号分隔。

l   Hyperlink，超链接，链接到KEGG官网上对应的代谢通路图。

分析模块引用了KOBAS（v2.0-20150126）软件（http://kobas.cbi.pku.edu.cn）。

　　相关文献如下所示：

Xie, C., Mao, X., Huang, J., Ding, Y., Wu, J., Dong, S., Kong, L., Gao, G., Li, C. and Wei, L. (2011) KOBAS 2.0: a web server for annotation and identification of enriched pathways and diseases. Nucleic Acids Res, 39, W316-322.

KEGG 库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes 数据库)：京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能、联系基因组信息和功能信息的知识库。利用KEGG数据库，可将基因按照参与的pathway通路或行使的功能分类。

！！更新KOBAS程序后台的KEGG数据库，通过KOBAS官网链接（http://kobas.cbi.pku.edu.cn/），下载最新的ko.db.gz文件，解压后覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。