LEfSe丰度差异bar图

Plot Differential Features（LEfSe丰度差异bar图）

分析模块根据，输入的LEFSe输入配置文件（可由分析模块 "LEfSe formatting" 生成）和LEfSe分析结果文件（可由分析模块 "LDA Effect Size Analysis" 生成），输出生物标记在不同的class and subclass中的丰度信息柱状图。

输入：

LEFSe输入配置文件，由分析模块 " LEfSe formatting " 生成。

示例：

(dp0

S'class_sl'

(dp2

S'group1'

(I0

tp4

……

LEfSe分析结果文件，由分析模块 "LDA Effect Size (LEfSe) Analysis" 生成。

示例：

Bacteria.Proteobacteria.Gammaproteobacteria.Xanthomonadales.Xanthomonadaceae.uncultured 2.68312887812 -

Bacteria.Proteobacteria.Deltaproteobacteria.Other.Other 1.85891701716 -

Bacteria.Proteobacteria.Gammaproteobacteria.Alteromonadales.Alteromonadaceae.Microbulbifer 1.6992306602 -

Bacteria.Actinobacteria.Actinobacteria.Coriobacteriales.Coriobacteriaceae 1.50716979432 -

Bacteria.Firmicutes.Bacilli.Lactobacillales.Streptococcaceae 4.49538844082 -

Bacteria.Proteobacteria.Alphaproteobacteria.Rhodospirillales.Acetobacteraceae.Asaia 2.35481798006 -

Bacteria.Actinobacteria.Actinobacteria.Euzebyales 2.40774094392 -

Bacteria.Proteobacteria.Alphaproteobacteria.Rhizobiales.Brucellaceae.Ochrobactrum 2.29714435148 -

Bacteria.Proteobacteria.Gammaproteobacteria.Alteromonadales.Alteromonadaceae.Bowmanella 1.22209491958 -

Bacteria.Proteobacteria.Alphaproteobacteria.Sphingomonadales.Erythrobacteraceae.Altererythrobacter 3.83652245852 group2 3.52018467771 0.0155342815979

Bacteria.Proteobacteria.Alphaproteobacteria.Rhizobiales.Aurantimonadaceae.Aureimonas 3.2768800052 group1 3.09039548249 0.00829921599528

输出：

所有生物标记在不同的class and subclass中的丰度信息柱状图。其中实线为subclass的丰度信息平均值，虚线为subclass的中值。

如果，在分析模块 "LEfSe formatting" 中不提供subclass分组信息，则subclass分组信息与class分组相同。具体参考分析模块 "LEfSe formatting" 的帮助文档。

分析模块引用了LEfSE[2]（v1.0）软件 ( https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse)。