Print the hierarchy below GO Term(给定GO Term,输出该GO Term下所有GO节点)
分析模块,设置一个GO节点编号,输出该GO节点下包含的所有GO信息。
输入:
设置GO节点编号为:GO:0043043。
输出:
设置的GO节点下包含的所有GO信息。
示例:
- 38 GO:0043043 L-05 D-06 peptide biosynthetic process
-- 0 GO:0046938 L-04 D-07 phytochelatin biosynthetic process
-- 4 GO:0002777 L-06 D-07 antimicrobial peptide biosynthetic process
--- 0 GO:0002783 L-07 D-08 antifungal peptide biosynthetic process
--- 2 GO:0002780 L-07 D-08 antibacterial peptide biosynthetic process
---- 0 GO:0002815 L-08 D-09 biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-positive bacteria
---- 0 GO:0002812 L-08 D-09 biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria
-- 0 GO:0002936 L-06 D-07 bradykinin biosynthetic process
-- 0 GO:0035499 L-06 D-07 carnosine biosynthetic process
-- 5 GO:0006412 L-05 D-07 translation
--- 0 GO:0032544 L-05 D-08 plastid translation
--- 0 GO:0032543 L-05 D-08 mitochondrial translation
--- 1 GO:0019081 L-06 D-08 viral translation
……
这里,前端数字为该GO节点下包含的GO节点数量求和,L-dd为GO等级(与根节点最短路径的距离),D-dd为GO深度(与根节点最长路径的距离),后续的文本为对应的GO功能描述。
分析模块引用了goatools(v0.5.7)软件(https://github.com/tanghaibao/goatools/)。
相关文献如下所示:
Haibao Tang et al. (2015). GOATOOLS: Tools for Gene Ontology. Zenodo. 10.5281/zenodo.31628.
GO(Gene Ontology) 是基因本体论联合会建立的数据库,适用于各物种,对基因和蛋白功能进行限定和描述。利用 GO 数据库,可以将基因按照它们参与的生物学过程、构成细胞的组分,实现的分子功能等进行分类。因此GO注释更加便于我们理解基因背后所代表的生物学意义。
!!更新GO结构关系和描述信息数据库,通过Gene Ontology官网链接(http://geneontology.org/ontology/go-basic.obo),下载最新的go-basic.obo文件,覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。