Quantseq自动化建库——从动物模型到临床样本的应用

QuantSeq 3'mRNA-Seq Library Prep Kit是以mRNA的3’端序列进行文库构建，文库可兼容Illumina和Ion Torrent测序平台。每个转录本只产生一个片段，因此能准确进行基因表达定量，同时减少测序深度及更多样本混样测序。

• 快速简单的一体化实验方案: 从总RNA到可用于测序的文库时间不超过4.5小时；

• 每个转录本只产生一个片段—可对基因表达精确定量；

• 能稳定、灵敏检测低丰度的转录本；

• 适用于低起始量（100pg）及低质量RNA（如FFPE样本）

• 可高效替代芯片检测或传统的RNA测序，友好匹配自动化工作站

• 在Blubee基因组分析平台上免费进行数据分析

• Quantseq 表达谱建库试剂盒能大幅度降低成本以及简便地去除Globin mRNA

• 超强版dual indexes能支持9,216个 i5/i7 index组合，或者可选择384种unique index，同时提供能够检测、排除扩增偏好性的UMIs

QuantSeq 3'mRNA-Seq Library Prep Kit通过oligo dT引物特异逆转录poly(A)尾3’ mRNA，第二链使用随机引物进行合成。由于插入片段的大小是由第二链合成引物和poly(A)尾之间的距离决定的，因此无需额外进行 RNA 片段化。随后的PCR可以提供9,216个不同的i5/i7index组合用于Illumina平台，48个index 用于Ion Torrent平台。能够实现更多样本混样测序。

图1.QuantSeq 3'mRNA-Seq Library Prep Kit FWD建库流程图解。QuantSeqFWD试剂盒Read 1（从绿色P5接头部分开始）测序对应的是靠近mRNA3’端序列，可以使用Illumina测序引物进行测序，用于基因表达分析。

QuantSeq定量范围--6个数量级的定量范围

为对QuantSeq基因表达定量的准确性进行分析，以ERCC标准品作为样品，以测到的ERCC 转录本reads数与input的分子数作图进行分析 (图2)。在线性模型评估和Spearman关联性评估中，QuantSeq展现出了非常高的input-output关联性和基因表达定量的准确性。

图2. QuantSeq定量：测到的ERCC reads数与给定的input间存在极好的关联性。