R语言-火山图绘制

火山图可以直观的展现出两组样本之间的基因差异表达情况。通常横坐标用log2[FC]表示,差异倍数越大的基因分布在左右两端。纵坐标用"-log10[pvalue]"表示,即T检验显著性P值的负对数。根据数据分析结果在图上按照"-log10[pvalue]"log2[FC]的值来将这部分显著变化的基因用不同颜色标示出来。
上周给大家讲了如何用小软件绘制火山图---可视化绘图小工具(可以索取软件包),今天给大家讲如何用plot绘制火山图。

首先准备数据表,格式如下:

Probe   Set IDpFC
TC0100001632.oe.10.0081449190.619047548
TC0100001636.oe.10.298825030.953776099
TC0100001638.oe.10.109951630.798545752
TC0100001640.oe.10.25978610.876299772
TC0100001641.oe.10.083487740.234910318
TC0100001643.oe.10.0919230950.928551664
TC0100001647.oe.10.82834550.9789645
TC0100001648.oe.10.87682390.989193261
TC0100001649.oe.10.29853670.942670548
TC0100001652.oe.10.089636550.110450787
TC0100001653.oe.10.070260090.540384676
TC0100001654.oe.10.074443580.179113471
TC0100001657.oe.10.065699530.260264534
TC0100001660.oe.10.743812740.92672368
TC0100001661.oe.10.412236660.802424155
TC0100001662.oe.10.354412940.755668439
TC0100001669.oe.10.720604840.963307149
TC0100001671.oe.10.051767420.880793341
TC0100001672.oe.10.16622870.876153511
TC0100001673.oe.10.61372810.963788723
TC0100001674.oe.10.129850480.88043941

输入下面代码:

最终得到的结果如下:

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