SAM文件坐标还原

　　分析模块，输入sam比对结果文件和bed区间信息文件，将比对结果在目标序列上的坐标，还原成染色体上的坐标，并输出坐标还原后的sam文件。

　　关于SAM/BAM格式的介绍，参考分析模块 "Map with BWA" 的帮助文档，或者参考：（https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf）。

　　输入：

       1、sam格式的比对结果文件。

　　示例：

3782_4324_1:0:0_3:0:0_1       69     chr1:2000-4000        1782         0       *       =       1782         0         CAATGCCCCATTAGCTGGGCTAATTTCTTGTCGGAGTGCCTTAACTGGCTGAGACCGTTTATTCGGGCTC         2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    RG:Z:Sample_A1

3782_4324_1:0:0_3:0:0_1       137   chr1:2000-4000        1782         37     70M =       1782         0         CTGCGCACGGTAAGTTCTTCGGTATCGCCGCGCGCATCGATCCACGGCTGGCGTCGTTTTGCCAGCCCTT         2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    RG:Z:Sample_A1     XT:A:U     NM:i:1         SM:i:37    AM:i:0      X0:i:1       X1:i:0       XM:i:1      XO:i:0       XG:i:0       MD:Z:54A15

……

       2、bed格式的区间信息文件。

　　示例：

chr1   2000         4000

chr2   13500       15000

chr3   23000       25000

　　输出：

　　坐标还原后的sam文件。

　　示例：

3782_4324_1:0:0_3:0:0_1       69     ch1   3782         0       *       =       1782         0         CAATGCCCCATTAGCTGGGCTAATTTCTTGTCGGAGTGCCTTAACTGGCTGAGACCGTTTATTCGGGCTC         2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    RG:Z:Sample_A1

3782_4324_1:0:0_3:0:0_1       137   chr1 3782         37     70M =       1782         0         CTGCGCACGGTAAGTTCTTCGGTATCGCCGCGCGCATCGATCCACGGCTGGCGTCGTTTTGCCAGCCCTT         2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    RG:Z:Sample_A1     XT:A:U     NM:i:1         SM:i:37    AM:i:0      X0:i:1       X1:i:0       XM:i:1      XO:i:0       XG:i:0       MD:Z:54A15