Pubmed 已收录25000+的RNASeq终于升级了，已发Nature &Science

SLAM-seq，即thiol(sh)-linked alkylation for the metabolic sequencing of RNA，可以理解为“S4U烷基化RNA代谢测序技术”，可观察转录的实时情况和特征。通过研发成熟的代谢RNA标记方法和高通量测序技术，SLAM-seq能检测整合到总RNA中的核苷类似物4-硫尿苷(S4U)，绘制RNA聚合酶II依赖性的基因表达动态，是一种操作性强、稳定、可靠的基因表达调控机制研究方法。

工作流程：

SLAMseq工作流示意图。培养的细胞用4-硫代嘌呤(S4U)标记新生RNA(绿色)。抽提纯化总RNA，并加入碘乙酰胺(IAA)诱导4-巯基烷基化。用QuantSeq 3’ mRNA-Seq文库构建试剂盒进行文库构建，在反转录过程中，S4U位点会反转录成鸟嘌呤 (G，红色)而不是腺嘌呤(A，黑色)。因此，在随后的数据分析过程中，可以通过T>C突变信息区分已有的RNA和新合成的RNA。

优势：

• 直接对总RNA & 新和成RNA进行定量

  1. 简单 & 高通量 (<10,000 cells, 1-day protocol, 24- or 96-well format)

  2. 应用广泛(时间依赖性研究, 计量评估, drug fingerprinting etc.)

• 与常规 RNA-seq 实验相比仅需两步额外操作

  1.细胞与含4SU 的培养基孵育对新合成RNA进行标记

  2.4SU 烷基化

技术应用：

• RNA合成、降解动力学分析

  常规 RNA-Seq 实验 测定的是RNA稳态水平，代谢 RNA-Seq 可以分别测定RNA 合成 和 降解速率。

• 提高基因差异表达检测的灵敏度

• 转录组分析与时间解决方案，以衡量基因表达动态

• 监测RNA在体内细胞与组织间的转运

• 测定哺乳动物体内特定组织和细胞类型的基因表达情况

• 识别调控基因或通路的主要转录靶点

SLAMseq Kits

为RNA代谢测序实验提供完整的解决方案

QuantSeq 是 SLAMseq 样品建库的理想选择

• 低成本- 建库

• 低测序深度:基因表达分析只需3 M reads, SLAMseq：20-30 M reads

• Poly(A)-选择性: 无需rRNA 去除

• 易于数据分析: 连特异性, 无需长度均一化

• Input 量: ≥ 100 pg total RNA ; SLAMseq标准 input : 1 μg

• T > C 转化定量稳定, 覆盖 U-富集的 3’ UTR s
  

延伸阅读：

• SLAMseq（代谢标记）在RNA测序中的应用

• Nature | 新技术scSLAM-seq可在单细胞水平揭示转录动态变化的核心特征

• Science | SLAM-seq分析BRD4-MYC这一通路中二者分别直接调控的基因及功能

• Thiol-linked alkylation of RNA to assess expression dynamics

• Small RNAs Are Trafficked from the Epididymis to Developing Mammalian Sperm

• SLAM-ITseq: Sequencing cell type-specific transcriptomes without cell sorting