Frontiers in Immunology | 单囊泡蛋白质组学图谱揭示HIV感染者中CD31⁺ EV亚群与免疫失调的关联

这篇文章聚焦首都医科大学附属北京佑安医院 粟斌教授姚琦教授团队发表于Frontiers in Immunology的最新研究。

研究首次应用邻近编码分析技术(Proximity Barcoding Assay,PBA),在个细胞外囊泡(single extracellular vesicle, single-EV)水平系统解析HIV感染者循环EV膜蛋白异质性。结合单细胞RNA测序及细胞通讯分析,构建EV介导的免疫调控网络,发现CD31⁺EV等疾病相关功能亚群,为解析人类免疫缺陷病毒(HIV)持续免疫激活及病毒潜伏库维持机制提供了新的研究思路。

文章信息

题目|Proteomic profiling of single extracellular vesicles reveals association of CD31⁺EV subpopulation with immune dysregulation in people living with HIV

期刊|Frontiers in Immunology

影响因子|IF=5.7

通讯作者|粟斌姚琦

DOI|10.3389/fimmu.2026.1871641

研究背景

尽管抗逆转录病毒治疗(ART)能有效抑制HIV复制,但病毒潜伏库、持续免疫激活及慢性炎症仍是阻碍“功能性治愈”的临床难题。

EV作为关键的细胞间通讯介质,在炎症调控与病毒感染中发挥重要作用。然而,传统分析方法忽略了EV的异质性,限制了疾病相关功能亚群的鉴定及标志物开发。为此,本研究应用PBA技术,在单EV层面深入解析HIV感染者循环EV的膜蛋白异质性,通过构建EV介导的免疫通讯网络,为解析HIV免疫微环境机制提供新视角。

研究设计概览

图1:研究整体设计流程

研究主要包括:

  • 临床样本:收集ART治疗HIV感染者及健康对照血浆样本

  • 单EV膜蛋白分析:采用PBA技术检测单EV表面543种膜蛋白标志物

  • EV异质性分析:通过FlowSOM聚类、t-SNE降维及差异蛋白分析识别疾病相关EV亚群

  • 多组学整合分析:结合单细胞RNA测序、CellPhoneDB配体-受体分析及KEGG通路分析,预测EV来源及免疫细胞通讯网络

发现①:PBA揭示HIV感染相关循环EV异质性重塑

图2:PBA解析HIV循环EV异质性及拟时间轨迹

PBA识别出多个具有不同膜蛋白表达特征的EV亚群

与健康对照相比:

  • HIV感染者循环EV总数量变化并不显著

  • EV亚群组成发生明显重塑

  • 多个EV亚群比例发生显著改变,提示HIV感染主要影响EV组成,而非EV总量

CD31⁺EV(Cluster 2)、B2M⁺EV(Cluster 3)和MUC16⁺EV(Cluster 9)在HIV感染者中显著富集,提示这些EV亚群可能参与疾病相关免疫调控

发现②: PBA鉴定疾病相关EV亚群的细胞起源    

图3:疾病相关EV亚群的分子特征与细胞溯源预测

进一步分析发现,不同EV亚群具有独特的膜蛋白组成,并映射出截然不同的细胞起源

其中,CD31⁺EV呈现强烈的血管内皮细胞标志物富集,被精准推断为内皮源性。此外,疾病关联性分析表明,CD31⁺EVB2M⁺EV以及MUC16⁺EV的核心特征蛋白均与HIV-1感染及系统性炎症过程高度相关

研究表明,PBA能够在单EV水平精准识别出被传统整体检测所掩盖的疾病特异性亚群,为溯源EV的细胞“出处”提供了直接证据

发现③:多组学整合揭示单细胞靶向通讯网

图4:EV-免疫细胞通讯网络预测与下游通路功能整合

为探究上述亚群如何发挥功能,研究结合单细胞RNA测序及CellPhoneDB分析,构建了高分辨率的EV-免疫细胞通讯网络

结果揭示了不同亚群通过特定的“配体-受体”组合,介导了高度细胞特异性的免疫重编程:

  • CD31⁺EV:预测主要通过ITGAL/ITGB2及CD38等黏附分子,精准靶向CD16⁺单核细胞与浆母细胞,驱动白细胞跨内皮迁移及促炎代谢反应

  • B2M⁺EV:展现出与CD4⁺中央记忆T细胞(TCM)的强交互作用,深度参与调控T细胞免疫稳态及病毒潜伏库维持

  • MUC16⁺EV:优先与CD8⁺效应记忆T细胞(TEM)及NK细胞互作,促进细胞氧化磷酸化并增强抗病毒细胞毒性功能

综合结论

本研究首次利用PBA技术解析HIV感染循环EV异质性并构建免疫通讯网络。研究发现,HIV感染主要通过重塑EV亚群组成而非改变总量,并鉴定出CD31⁺、B2M⁺及MUC16⁺等关键亚群,分别参与炎症调控、潜伏库维持及抗病毒免疫。该成果为HIV免疫微环境研究及生物标志物开发提供了新框架,但作为探索性发现,未来仍需大规模临床验证其功能意义。

结语|PBA助力解析复杂免疫微环境中的EV异质性

PBA技术突破传统分析局限,实现单EV高通量精准检测,为复杂疾病微环境解析提供了关键手段。本研究成功解析HIV循环EV异质性并构建免疫通讯网络,证实了PBA在感染机制与标志物发现中的巨大潜力。未来,PBA有望深度赋能感染、免疫及液体活检领域的单EV精准诊疗。

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