Chicago技术简介|挑战染色体水平基因组组装

引言

新技术的开发和利用，使得基因组组装能够获得更具连续性及准确性更高的组装结果。这其中，三维基因组技术由于其能够提供更长距离的信息而备受研究者青睐。三维技术发展到今天，Hi-C和Chicago技术更是引爆基因组研究领域新热点，染色体水平的组装结果因其更具完整性，更是成为基因组组装的新标准。

体外DNA三维空间结构的Hi-C检测。相对于常规的Hi-C技术，Chicago可以直接收取DNA样品，不用客户提前对组织样本进行甲醛交联固定，适用于取样困难、无法寄送新鲜样本的项目，另外Chicago 技术比传统Hi-C具有更高的精度，基因组小范围内分辨率更高，对于组装效果很差（Contig/Scaffold N50<1Mb）的物种具有明显优势。

除了Chicago技术外，Dovetail Genomics凭借其独有HiRise组装算法，可以极大的提高基因组的组装质量，可以轻松获得染色体级别的基因组。

通过将DNA,纯化的组蛋白及染色质组装因子结合，进行体外染色质重构，利用甲醛将染色质固定。生物素和巯基标记酶切后的DNA片段，利用连接酶对标记末端进行连接，再进一步消化去除终端标记生物素的核苷酸片段（巯基化核苷酸保护文库片段内部不被消化），筛选出内部含有生物素标记的片段，构建Chicago文库。

辅以Dovetail特有的HiRise组装算法，利用shotgun数据覆盖基因组中的重复区域，基于Hi-c及Chicago技术获得邻近连接长距离读取数据，可高效构建基因组框架。经多次检测纠错后获得理想的Scaffold，再利用Shotgun数据进行Gap填补，可最终实现全基因组组装。

Dovetail可低成本获得Mb级别跨度的基因组信息。高效利用不同跨度的reads实现更好的组装拼接，为基因组组装的准确性提供更好的数据基础。即使组装质量不高的基因组（contig/scaffold N50 < 50k），利用Dovetail的Chicago Hi-C技术也可获得令人惊叹的组装结果。

此外，Dovetail方案更是适用于多种类型的基因组研究。自2015年起至今Dovetail Genomics已经为全世界的科学家提供了超过1000个高质量的基因组。

基于Dovetail Genomics组装方案，可大幅度提升基因组组装水平和组装质量，适用于新基因组构建及各种现有基因组的版本升级：