文献神器：DES-ncRNA

今天就介绍一个已经帮大家整理好的文献神器：DES-ncRNA（网址：http://www.cbrc.kaust.edu.sa/des_ncrna/home/index.php）

这个网站是全球最壕的学校——阿卜杜拉国王科技大学（King Abdullah University of Science & Technology，简称KAUST）的研究团队和中科院北京基因组研究所的章张教授在2017年4月份发表在RNA biology杂志上的文章介绍的。

章张教授

(DES-ncRNA: A knowledgebase for exploring information about human micro and long noncodingRNAs based on literature-mining（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28387604）

关于阿卜杜拉国王科技大学，我们划一下重点：

1. 2009年9月23日，阿卜杜拉国王科技大学举行开幕典礼，宣告学校正式成立；

2. 2009年11月，校长施春风一行与中国科学院常务副院长白春礼在北京会见，并与中科院签署了合作备忘录；

3. 阿卜杜拉国王科技大学占地面积逾3600万平方米，阿卜杜拉国王已经向大学捐款100亿美元；

4. 世界大学学术排名(ARWU) 2016年 201-300位，教职员工论文引用率 2015年和2016年都是第一；

5. KAUST 是世界上录取率最低的高校之一，每年从10000~12000名申请者中遴选出200-250名来自11个相关专业方向的学生；

6. KAUST为有意向就读于该校的优秀学生设置了全额奖学金，资助在该校学习期间的费用：博士生每年约9万美元，硕士生约7万美元（数据来源：百度）。

   （听说大家每个月涨了250块大洋，可喜可贺，恭喜恭喜！）
   

学校的灯塔夜景

学生公寓

图书馆

学校的高尔夫球场

DES-ncRNA网站有个功能很好用：基于文献提假说。

我们可以考虑一下：假如有5篇文章发现：基因A调控细胞增殖，有8篇文章报道细胞增殖与血管瘤有关，那这篇文章的作用就是把这种A可能参与血管瘤发病的关系给梳理出来，即：基于A和B的因果关系（文献报道）以及B和C的因果关系（文献报道），推出A和C的因果关系（新假说）。

下面我们看具体的例子：

在主页里面选择红框中的Explore Hypothesis：

我们看看关键词有哪些选项：

比如，我们想看看是否有转录因子对lncRNAMALAT进行调控，就可以分别选择human transcription factors 和human long non coding RNAs，并在输入框中输入MALAT1，在前面的文章数量中分别输入3,1和1：

接下来我们要看的是这些转录因子与MALAT1的研究是否有文章报导，单击关心的转录因子前面的test：

可以看到有9篇文章，具体的文章情况我们可以单击数字查看。

网站的另外一个功能是查某个关键词的相关研究热点，我们接着上面的说，右键单击MALAT1，选择Network：

在弹出来的界面里面选择设置节点数量、节点类型：

这里我们主要看基因和相关通路，所以节点相应选择：

选好后单击提交就好了：

图片可改变布局、导出：

数字表示相关文章的数量，数字越大，证据性越强。