数据库|加拿大卡尔加里大学公布最新线虫ITS2序列重要资源数据库

Marker基因调查在物种鉴定，群体遗传学和分子流行病学中有广泛的应用。随着这些方法扩展到新型生物体和超出16S和18S rRNA基因的其他标记，综合数据库是正确分析这些数据的关键要求。2019年7月，加拿大卡尔加里大学首次提出了ITS2 rDNA数据库，用于自由生活和寄生线虫种群的Marker基因调查以及用于构建数据库的软件。这是研究线虫的研究人员的重要资源，也为任何已有分类提供了创建ITS2数据库的工具。

该数据库可通过https://cooperia.chgi.ucalgary.ca/Nematode_ITS2/作为交互式Web应用程序获得。完整的数据库也可以从zenodo https://doi.org/10.5281/zenodo.3235802下载，用于创建数据库的开源软件——markerDB可以在https://github.com/ucvm/markerDB/下载。

ITS2 rDNA基因座已被广泛用作自由生活和寄生线虫中物种鉴定。与其他无脊椎动物群一样，线虫通常存在于大型复杂群落中，因此，深度扩增子测序方法对于调查线虫群落具有潜在的强大作用，类似于在微生物组研究中使用细菌16S rDNA扩增子测序。最新研究表明，ITS2 rDNA基因座已用于栖息在牛胃肠道中的寄生线虫群落的“nemabiome”调查。然而，深度扩增子测序方法用于线虫更广泛和更通用的研究应用，还需要更加全面且定期更新的ITS2 rDNA数据库，本研究开发了线虫ITS2序列重要资源数据库。nemtatode ITS2数据库是使用markerDB构建的，该软件作为开源工具，可以快速可靠地构建任何NCBI分类水平的ITS2数据库。该工具可用于提高可重复性和透明度，并为用户提供了构建自己的数据库的选项。

nemtatode ITS2数据库（v1.0.0）目前包含8630个非冗余序列，中位长度为263 bp，标准差为97 bp。包含有1429种和325属，并且在分类等级中能够在线虫门的NCBI数据库中获得大约30%的高质量，非冗余序列。该数据库极大地扩展了研究寄生线虫和自由生活线虫群落的序列范围，允许更广泛地选择宿主和环境进行研究。