最新NCBI数据上传流程（三）

基因组De novo数据上传流程（二）

原文再续，书接上回……

　上一次我们介绍了序列上传和Bankit提交，这里先来做一个前情回顾……

3.2 tbl2asn提交过程

以下是tbl2asn的提交过程，Sequin由于有数据量的限制且功能相似，不做阐述。

3.2.1 创建template文件

选择网址

https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/template/submission/，进入如下界面（带“*”的为必填项）：

在页面上填写项目联系人信息及项目发表情况，若事先创建了BioProject号，填写进去即可。检查无误后，确认提交，生成文件 template.sbt。

3.2.2 准备基因组提交文件

文件介绍：

1. 基因组sqn文件

tbl2asn/Sequin特定的格式，包含基因组序列、基因特征及其他信息，导入软件可以转成可读性更强的genbank格式。

2. 基因列表文件 *.tbl

列表文件呈现的是编码基因、rRNA、tRNA及其他一些组分特征。

Tbl文件示例 ---

格式说明 ---

>Feature 序列id

第一列：基因组特征的起始

第二列：基因组特征的终止，负项链的坐标反向写

第三列：特征值，gene / CDS / rRNA / tRNA / misc_feature ...

第四列：属性，如codon_start / transl_table / product / protein_id ...

第五列：具体属性的值

一些特例情况 ---

1) 若存在RNA编辑则需要添加属性值，并指定定RNA编辑发生的位置及类型，示例如下：

2) 若存在特殊结构的基因，如反式剪切基因rps12(叶绿体中很重要的一个基因)，也是需要添加对应的属性值，示例如下：

其它情况请参阅

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tbl2asn2/

生成提交文件的参考命令：

mkdir Submit_To_NCBI

cd Submit_To_NCBI

将template.sbt 和 基因组genbabk文件拷贝到当前目录，然后：

1) 下载 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov//toolbox/ncbi_tools/converters/scripts/gbf2tbl.pl 脚本，导入基因组gbk获得 *.fsa 和 *.tbl：

2) 下载tbl2asn，生成 *.sqn

/yourpath/tbl2asn -t template.sbt -p ./

说明：

-p 为当前目录，即 tbl fsa pep 文件所在目录，如果有RNA editing基因，需要提供蛋白文件

运行完成后，最终生成*.sqn文件

3.2.3 写信提交

写信至 gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov 提交，注意把 *.sqn 和 *.tbl 都提交给NCBI。邮件内容言简意赅即可：

等待NCBI回复，若没有问题，也是大概2工作日就可以收到回信啦~~~

到这里，我们的De novo数据上传就搞定啦！希望可以帮助到你哦！