SVAtlas：第一个单囊泡多组学的资源数据库

背景简介


细胞外囊泡（EV）因其稳定结构、跨组织屏障能力以及在血浆、尿液等体液中的丰富分布，被视为无创诊断和精准医疗的重要载体。然而EV高度异质，传统分析往往混合全部囊泡测定，导致稀有亚群信号被稀释。近年来，邻近编码分析技术（PBA）、纳米流式细胞术（nFCM）、纳米颗粒追踪分析（NTA）、随机光学重构显微镜（STORM）、单分子定位显微镜（SMLM）等技术，使单个EV分析成为可能，显著提高灵敏度，解决异质性问题，并支持多组学整合。但研究缺乏统一的分离、定量和鉴定标准，数据碎片化限制了EV标志物的临床应用。

为解决这一问题，研究团队构建了SVAtlas，首个覆盖多疾病、多体液、多物种的单个EV多组学数据库。



研究方法


数据来源和流程图

整体数据来源与处理流程

  • 数据整合：基于MISEV2023标准，从2015–2025年文献筛选75篇高质量single-EV研究，整合276个项目，覆盖31种疾病、32个组织来源、10类体液及5个物种，总计超过1.3亿个EV。

  • 数据处理：统一QC、CPM/z-score标准化、PCA/MDS降维及FlowSOM聚类，确保跨研究可比性。

  • 分析平台：建立自动化single-EV数据分析流水线、EVisualizer可视化系统及LLM技术问答工具，研究者可直接探索EV亚群特征。






SVAtlas核心亮点①：全面且标准化的单EV数据资源


SVAtlas数据可通过人体解剖图模块直观浏览，按组织来源、疾病类型或分子标志物筛选。

SVAtlas构建了首个覆盖多疾病、多组织、多体液、多物种的单EV多组学数据库，数据库包括蛋白358种、RNA18种、脂质/代谢物5种，提供统一标准化条目、详细实验信息与PubMed链接，形成单EV研究的 “数据语言”与参考标准，解决跨研究数据碎片化问题。



SVAtlas核心亮点②：高度可视化的异质性分析平台


平台支持组织/器官异质性分析及疾病特异性亚群分析，通过全局聚类、高异质亚群选择及标志物组合差异热图展示单EV分布和特征。EVisualizer支持交互式可视化，包括t-SNE/UMAP聚类图、蛋白热图及EV来源饼图，研究者可直观探索亚群和分子特征。

异质性分析案例图



SVAtlas核心亮点③：全流程自动化分析


SVAtlas提供完整自动化单EV分析流程，无需安装外部软件，从数据预处理、聚类到可视化和差异分析一站完成。用户可上传自己的数据，自定义分组、亚群比较和差异标志物分析，实现高效、可复现的单EV研究。

在线分析流程示意图



SVAtlas核心亮点④：前沿技术汇总与开放共享


数据库总结了2015–2025年的32种单EV分析技术，包括PBA技术、高分辨率显微成像、纳米颗粒追踪分析和纳米流式细胞术等，并提供技术参数和在线浏览，便于研究者比较和选择最适合的实验平台。用户还可上传未收录的数据，支持个性化提交和MISEV2023标准化流程，推动数据共享和方法标准化。


结语与展望


SVAtlas的建立标志着单个EV研究进入标准化、多组学整合的新阶段。研究者可在统一平台探索EV异质性、发现潜在生物标志物，并进行跨研究验证。平台提供自动化分析、可视化和AI问答系统，让single-EV数据分析更高效、直观。未来，随着更多数据和新型组学加入，SVAtlas有望成为液体活检、精准医学和疾病诊断的重要工具。


SVAtlas数据库访问：https://www.svatlas.org/


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