Visium HD揭示结直肠癌TME免疫亚群全景

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近日,10x Genomics公司Sarah E. B. Taylor实验室在《Nature Genetics》(IF:31.7)发表了一篇题为 “High-definition spatial transcriptomic profiling of immune cell populations in colorectal cancer” 的文章。该研究对来自5位结直肠癌患者的FFPE样本(含癌组织和邻近正常组织)进行了系统性空间转录组测序,辅以Visium v2对比实验、Chromium单细胞参考图谱建立、Xenium原位验证,全面展现了Visium HD的性能和解析深度,证实了高分辨率空间转录组技术在解析肿瘤异质性中的重要价值。


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主要结论

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1.高分辨率解析揭示空间异质性的巨噬细胞亚群及功能差异

研究通过构建围绕肿瘤区50 µm范围的空间邻域,深入描绘了肿瘤浸润区域的细胞组成。在多个样本中,肿瘤相关成纤维细胞(CAFs)与巨噬细胞是该区域的主要细胞类型。Visium HD数据识别出两种主要的肿瘤边缘巨噬细胞亚群,分别为SELENOP+与SPP1+型。

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每个CRC部分中肿瘤周围的细胞组成

2.Goblet细胞亚群可能呈现肿瘤转化趋势

在靠近SELENOP⁺巨噬细胞聚集区域,研究识别出一类表达REG1A/REG1B的杯状细胞亚群。

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TME中两个巨噬细胞亚群的鉴定和定位

3.高分辨率空间定位克隆扩增的抗肿瘤T细胞

结合Visium HD的2 µm原始分辨率数据、核分割算法与Xenium原位验证平台,研究团队成功定位并验证了一群克隆扩增的CD8⁺ T细胞。

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原始数据与核分割算法揭示T细胞在TME中的空间定位

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