羟甲基化DNA免疫共沉淀（hMeDIP）

产品介绍：

羟甲基化DNA免疫沉淀测序（Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation Sequencing, hMeDIP-Seq）是通过5hmC特异性抗体富集结合高通量测序技术，在全基因组水平上实现对羟甲基化区域的检测。可广泛应用于羟甲基化与疾病关系研究以及羟甲基化在胚胎发育过程中的研究。与oxBS相比，hMeDIP成本低。

GenesDev. 2011;25(7):679-84.

技术路线：

基因组DNA——DNA片段化——hMeDIP富集——文库构建——PE150测序——标准化分析——高级分析

样本要求：

基因组DNA：>=3ug

样品浓度>50ng/ul;无RNA和蛋白污染

建库测序：

测序策略：Illumina HiSeq，PE150

测序深度：20-30M reads

标准化分析：

1. 原始数据去除低质量、去除接头污染处理

2. 数据处理后质量评估

3. 测序数据基因组比对

4. 基因组测序深度和覆盖度分析

5. 羟甲基化富集区域(peaks)检测以及基本统计

6. 羟甲基化富集区域(peaks)基因组元件分布

7. 羟甲基化富集区域可视化

8. 不同基因组元件上的羟甲基化水平分布特征

9. 不同基因结构元件上的羟甲基化水平分布特征

10. 差异羟甲基化富集区域(DhMRs)检测

11. 差异羟甲基化富集区域(DhMRs)的位置及相关基因注释

12. 差异羟甲基化富集区域(DhMRs)相关基因的GO富集分析

13. 差异羟甲基化富集区域(DhMRs)相关基因的KEGG富集分析

高级分析：

14. 多样本间基因组尺度羟甲基化水平聚类分析

15. 多样本间基因组尺度羟甲基化水平主成份分析(PCA)

16. 疾病相关羟甲基化分析和功能预测

项目周期：

50个工作日