绘制RNA二级结构图

我们常常在文章里面见到各种高大上的RNA二级结构图，比如：

今天我们就来介绍一个用来预测或者查询RNA二级结构的网站：

RNA structure: http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/

在打开的界面中，我们选择第一行：Predict a Secondary Structure，

在弹出的界面里，我们用网站自带的例子（注意：输入的序列长度不能超过2500nt），单击here：

其它参数不变，最后单击Submit Query：

就开始计算了：

计算好了以后我们可以输入网址查看：

例子中由于序列比较短，只有76nt，结果图看起来还不错，如果序列太长的话，图就有些难看，比如：

实在是太丑了，我们把序列减少到300nt左右后，结果就好看了：

当然，除了RNA structure以外，还有其它的网站，比如：

RintD

后面这些软件大家可以通过网站rtools预测：http://rtools.cbrc.jp/