除了可变剪切,一些基因还存在新的结构特征尚未被发现。使用StringTie软件对reads进行组装,然后用cuffcompare和已知的基因模型进行比较,对已知基因的起始和终止位置进行优化。
基因延伸(结构优化)
将组装的基因与参考序列的基因注释信息进行比较,可能发现组装基因会延长基因注释的5’或3’端,由此优化了基因结构。基因结构优化分析示意图如下图所示:
基因结构优化分析示意图
基因延伸结果表头说明