宏基因组测序

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产品介绍

宏基因组（metagenome）是指特定环境中全部生物（微生物）遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养，而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度,探索微生物与环境及宿主之间的关系。目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落，挖掘更多基因资源方面的应用。



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分析流程

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技术参数


实验策略

测序量

项目周期

400bp左右小片段文库

常规 6G-10G raw data

50个工作日





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技术特色

不依赖于微生物的分离培养，克服了传统的纯培养方法的技术限制，为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略；

可以得到环境中丰度较低的，为研究低丰度微生物提供了途径；

引入了宏观生态的研究理念，对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究，可以更准确地反应出微生物生存的真实状态。

1对1项目服务，直接对接生信分析师，没有中间环节，沟通更高效。

多组学关联分析，可关联代谢组等研究结果，全方面深化研究。



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送样要求

样品类型：取样材料或者环境样本DNA

样品浓度：30ng/ul

样品总量：≧1ug




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分析示例


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多样本物种分布条形图




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相关性heatmap图


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多样本RDA/CCA分析



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STAMP 分析（样本间）





项目经验：

1. Initial soil microbiome composition and functioning predetermine future plant health. Science Advances (IF=13.293)， 2019.

2. Active harvesting enhances energy recovery and function of electroactive microbiomes in microbial fuel cells. Applied Energy (IF=8.426), 2019.

3. Ruminal microbiome-host crosstalk stimulates the development of the ruminal epithelium in a lamb model. Microbiome (IF=10.465),2019.

4. Microbial diversity and antibiotic resistome in swine farm environments. Science of the Total Environment (IF=5.589), 2019.

5. Stratification of microbiomes during the holomictic period of Lake Fuxian, an alpine monomictic lake. Limnology and Oceanography (IF=4.325), 2019.

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