单细胞和SMI空间多组学分析揭示了溃疡性结肠炎中抗整合素治疗对细胞间室的效应

题目：Single-cell and spatial multi-omics highlight effects of anti-integrin therapy across cellular compartments in ulcerative colitis

期刊：Nature Communications

DOI：10.1038/s41467-024-45665-6

研究领域：溃疡性结肠炎、抗整合素治疗

样本类型：外周血和结肠活检样本

关键技术平台：10x Genomic单细胞测序平台，CosMx™ SMI单细胞空间原位分子成像平台


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研究思路图


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主要研究方法


1.单细胞转录组学（scRNA-seq）：
使用10x Genomics平台，对外周血和结肠活检样本进行单细胞转录组分析。通过Seurat和Scanpy等生物信息学工具进行数据预处理、双细胞检测、细胞聚类和差异表达基因分析，以识别VDZ治疗相关的细胞亚群和特征基因。


2.蛋白质组学（CITE-seq）

利用CITE-seq技术结合单细胞RNA测序和抗体为基础的蛋白表达检测，对细胞表面蛋白进行高通量测量，以建立细胞表面蛋白图谱。

3.空间多组学：

使用多种技术（如MIBI、CODEX和CosMx™ SMI）对固定样本进行空间转录组和蛋白质组分析，以评估组织微环境中细胞亚群的空间分布和相互作用。


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主要发现


1.VDZ治疗与MNP亚群的变化相关，同时对淋巴细胞的影响较小。
2.VDZ治疗可能通过减少MNP的迁移和激活、降低炎症性成纤维细胞和内皮细胞的激活，促进肠道上皮细胞的恢复。
3.通过空间多组学分析，研究者们揭示了VDZ治疗前后细胞亚群在组织中的空间分布变化。
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