CosMx SMI与10x Visium空间技术联合：揭示HGSOC亚克隆的高度异质性

文章题目：Spatial transcriptomics reveals discrete tumour microenvironments and autocrine loops within ovarian cancer subclones

发表时间：2024.04

期刊名称：Nature Communications

影响因子：16.5

实验平台：CosMx SMI；10x Visium

研究内容     


1、10x Visium 技术确定HGSOC空间基因表达、细胞构成及肿瘤亚克隆

Fig.1   HGSOC空间基因表达及细胞分布

Fig.2   HGSOC肿瘤亚克隆

2、CosMx SMI 单细胞分辨率的空间转录组学

研究者使用CosMx SMI技术，在单细胞分辨率下对基因表达进行空间检测，鉴定了12个不同的细胞群（2个肿瘤细胞群，4个巨噬细胞群、T细胞群、2个浆细胞群、成纤维细胞群、内皮细胞群和上皮细胞群）。

Fig.3 CosMx SMI细胞原位展示

3、单细胞分辨率空间技术解析亚克隆微环境

利用CosMx SMI数据，进一步研究在患者5中发现的亚克隆是否与不同的非恶性细胞类型相关。首先使用邻域分析来确定PIGR+和PTGS1+肿瘤细胞的局部邻域中每种细胞类型的比例，区分直接接触肿瘤克隆的细胞、局部生态位中的细胞以及距离更远的细胞。

Fig.4 亚克隆微环境中细胞通讯分析

分享