单细胞测序分析——如何使用loupe对细胞进行手动定义

Marker gene数据库下载网址（cellmarker 2.0）：

http://117.50.127.228/CellMarker/CellMarker_download.html

老师可根据需要下载对应表格。

一、打开结果loupe并导入seurat聚类结果

1）打卡结果对应的loupe文件

2）导入重新聚类的cluster聚类结果

3）导入降维结果（tSNE和/或UMAP，建议首选UMAP）

二、计算导入新cluster的marker gene

注：也可以使用seurat计算的marker gene。

三、手动注释

1. 对于一些很常见的细胞类型，我们可以直接输入marker gene看在哪些群高表达对细胞进行定义，比如：PTPRC（CD45）大致区分免疫细胞和其他功能结构性细胞，可以通路tSNE或UMAP图和小提琴图来大致推断哪些cluster是免疫细胞。

2.基于计算出来的marker gene和cell marker 2.0数据库下载的表格进行细胞类型定义（以cluster 20为例）

1）cluster 20的差异基因L2FC降序排列

2）按照顺序找多个marker gene 确定是否在对应群内高表达

3）确定在对应cluster 高表达后，去cellmarker 2.0对应表格内匹配组织类型和细胞类型cellmarker 2.0

在symbol列和或marker列（可能有些是非官方名称）输入对应的loupe内复制的marker gene名称

Loupe复制marker gene

Cellmarker查找

Gene1：

Gene2/n：

demo的样本是小鼠的直肠癌，根据上面结果大致可以判断属于Brush cell (Tuft cell)。

3.定义后细胞重命名

1）直接使用套索工具（适用于与其他细胞类型物理距离清晰的clusters，比如我们测试的cluster 20）,注意记录好使用的marker gene，后续展示和文章会需要。

重新定义细胞类型：第一个是细胞类型，第二个是组别名称，需要一起展示的细胞类型的组别名需要保持一致

2）对于稍微混杂的一些细胞类型（他们中有些可能是同一细胞类型），以cluster 8为例。

Marker gene确定细胞类型

Cluster选择导入的cluster的组别，其他cluster隐藏，后利用套索工具选择所有的细胞。

细胞类型定义

4. 表格和图片导出

表格导出

图片导出

导出的结果展示