​学会了这个数据库，还愁发文章申基金？

上面我们给大家介绍了miRNA的SNP临床研究套路、基础研究套路。不知大家是否领悟到了核心思想，有没有想要挖掘一下，来小试牛刀呢？不过还是想要提醒大家，相比于学习数据库的使用，把前面的几篇文章好好读一读，理解清楚思路才是更重要的事情。


今天给大家推荐一个数据库工具，帮助大家挖掘这个方向！这个数据库就是华中科技大学郭安源教授课题组开发的miRNA SNP V3（我们在之前介绍过他们的GSCALite数据库，非常好用！），网址为：
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP/#!/ 。


下面来给大家简单介绍一下网站的使用：


在主页，我们可以看到一个综合性搜索框，可以直接搜索miRNA或者基因或者SNP的名字（没错，三合一！）。


我们先以hsa-miR-10b-5p为例进行搜索，可以看到如下的界面这里介绍了miRNA的相关信息，浅蓝色的字体可以点击，然后会跳转到相关网站详细展示这部分的信息。


“Variation in miRNA”部分则介绍了在miRNA种子区域的SNP数目，成熟miRNA的SNP数目，在种子区域中与疾病相关的SNP数目（DRV）以及在成熟miRNA中，与疾病相关的SNP数目。



然后也展示了hsa-miR-10b-5p在各种肿瘤中的表达量，以及在CCLE和NCI60细胞系数据库中，药物敏感性与miRNA表达量的相关性，并显示了最为显著地几个药物。



在另外两栏中“Target gain with SNP in seed”和“Target loss with SNPs in seed”这两栏分别表示在miRNA上发生这个SNP变异会获得哪些靶基因（原本不靶向，发生SNP后反而能靶向了）或者会失去靶向哪些基因的能力（原本靶向，发生SNP后不能靶向了）。


注意的是“Exp.cor”这一栏表示miRNA和基因间的表达相关系数，“？”表示miRNA与基因间是否经过了实验验证。“Predict”栏，可以点击进去查看预测结果的详细信息。


如果大家对之前文章里讲的内容比较熟悉的话，应该就会想到这一部分蕴含了很多宝藏啊。miRNA发生SNP会影响结合的靶基因，进而影响下游的功能变化，这个都可以挖掘出文章啊啊啊啊！



“Target genes Enrichment Analysis”部分应该不难理解，就是miRNA的靶基因所富集的通路。分KEGG和GO两部分。既有表格展示，也有大家喜爱的图形化展示。



如果大家在开头用基因进行搜索，那么会先跳转出如下界面：


左边的表示这个基因的SNP信息，右边会展示与疾病相关的SNP



首先看第一个，SNP。


点击进去后会看到如下界面，有两点解释一下：


1. SNP GMAF表示SNP Global Minor Allele Frequency（全局次要等位基因频率），就是SNP变异型发生的频率；
2. “SNP in GWAS LD Region”这个选项表示SNP是否发生在SNP连锁不平衡区域（Linkage disequilibrium Region）。


下面的表格中，“Gain”表示发生这个SNP变异使得3’UTR区域获得/增添的可靶向该区域的miRNA数目，“Loss”则相反，点击进去可以查看相关的信息。




ClinVar部分的内容则相对偏与临床相关一些。大家可以在Tissue中选择大家自己关注的组织，在Disease中选择自己关注的疾病，在Source中选择不同的数据库：COSMIC/ClinVar/GWAS。



讲到这里，其实也就讲完了网页上头显示的“SNP”和“Disease”部分，因为他们的功能都是相互串连在一起的。


在Predict部分，网页提供了三个功能，分别是预测发生在基因3’UTR区域、成熟的miRNA上和miRNA前体上所产生的影响。Download部分则提供了数据下载，网页对数据进行了分类，大家如果有一定的数据清洗能力的话，比如用R语言进行清洗，那么可以下载数据，自己再进行筛选。
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