1、样品纯度:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间,OD 260/230值应在2.0~2.2 之间;对于纯度不足的样品,我们将及时通知客户。若客户在样品纯度不合格的情况下要求建库,我公司将不承担建库失败风险,按建库成功收费。
2、样品浓度:样品的浓度越高越好,最低不应低于30 ng/ul;对于PACBIO测序的样品,建议使用PicoGreen染色或用Qubit 分光光度计( Life Technology)进行检测。
3、样品的量:
插入文库大小 | 样品量 |
500bp | 600ng |
1kb | 1.2µg |
2kb | 1.2µg |
5kb | 4.8µg |
10kb | 10µg |
20kb | 20µg |
注意:上述所需 DNA 是理论值(单次),考虑到运输途中降解、建库可能的重 复,所以一般需要客户提供>10ug 的 DNA,如果构建 10kb 以上文库,通 常需要至少提供 20ug DNA。
4、我们收到样品后,需要对样品进行检测,最终样品的量和纯度,以我们的检测结果为准;对于样品量不足的样品,我们将及时通知客户。若客户在样品量不足的情况下要求建库,我公司将不承担建库失败风险,按建库成功收费。
5、确保样品为双链DNA。单链DNA不能进行SMRTbell模板制备,且会影响定量和聚合酶的结合。
6、尽量避免样品有冻融过程,确保样品没有放置于高于65°C的环境中超过1h,样品不能暴露于pH小于6 或者 高于9的极端环境中。
7、基因组DNA不能有RNA或蛋白污染,电泳检测不能有弥散条带,要求提供电泳图结果。
8、确保样本不包含不溶物质,不能有颜色或者絮状物。
9、不能曝光在荧光染料或者紫外线中。
10、不能包含螯合剂(如EDTA),二价金属阳离子(如Mg 2+),变性剂(如胍盐,酚)或者洗涤剂(如SDS,Triton-X100)。
11、不能遗留生物组织中的一些污染物,组织,如(血红素,腐植酸,多酚)等。
12、样品运输方式:DNA 样品可溶解于 Tris 缓冲液中(如 10mM Tris, PH 为 7.0~8.0)或无核酸酶的水中,样品的最大体积不得超过130ul,溶解用的缓冲液中不含 EDTA。 纯化的 DNA 样品非常稳定,建议以冷冻(干冰)的方式运输样品,一方面保证无细菌污染,另一方面也可以减少样品的挥发。如提供样品方需要使用其他材料运输样品试剂,必须在运输样品前书面告知接收样品方该材料的性质及潜在可能性,并把相关信息明显标注于运送样品试剂的包装封面上。由于提供样品方的过失造成的任何损失,由提供样品方承担责任。
13、请客户仔细纯化样品,尽量避免污染进入,并请客户将所送样品保留备份,我们也将另外由专人保留一份备份,以防止一旦数据中出现外源DNA污染,我们能迅速的查清原因,分清责任。