Plot Venn Diagram(维恩图分析v1)
Venn图[1]可用于统计多个样本中所共有和独有的OTU数目,可以比较直观的表现环境样本的OTU数目组成相似性及重叠情况。通常情况下,分析时,输入OTU样本表,通过进一步对共有及独有OTU分类信息进行统计作图,深入比较样本间相似性及差异性。
输入:
OTU Table文件:
OTU ID Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10
OTU1 0 0 0 0 0 6 34 104 367 254
OTU2 52 335 18 49 0 0 0 0 0 0
OTU3 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0
设置样品Bio1、Bio2、Bio3、Bio4、Bio5,那么就需要设置输入对应的列数信息,以逗号分隔。
其他参数默认。
输出:
Venn图:
注:不同样品用不同颜色标记,各个数字代表了某个样品独有或几种样品共有的OTU 数量。样本分组至少2个,最多5个。
相关文献如下所示:
[1] Fouts DE, Szpakowski S, Purushe J, Torralba M, Waterman RC, et al. (2012) Next Generation Sequencing to Define Prokaryotic and Fungal Diversity in the Bovine Rumen. PLoS ONE 7(11): e48289. doi:10.1371/journal.pone.0048289.