序列捕获测序技术是将芯片杂交和第二代高通量测序完美结合的一种重测序技术。通过定制感兴趣的基因组区域的探针,与基因组DNA进行芯片杂交,将目标区域DNA富集后进行高通量测序的研究策略。该技术能应用于外显子区域以及候选基因组区域等的重测序上,针对性强,覆盖度更深,数据准确性更高,更加简便、经济、高效。
捕获平台介绍
Agilent SureSelect序列捕获平台
Agilent SureSelect 靶向序列捕获技术是一种溶液型杂交捕获技术,该技术由Agilent公司与麻省理工学院-哈佛大学博德研究所共同开发,研究成果随后刊登在《自然生物技术》上。该技术使研究人员能够将测序范围缩小到感兴趣的基因组区域,从而简化新一代测序。120-mer RNA 寡核苷酸能够可靠地捕获更多大小变异,包括 SNP、CNV 和 Indel,具有无与伦比的等位基因平衡。Agilent公司还提供客户定制系统,DNA捕获区域从200kb到5.8Mb都可以。
Nimblegen序列捕获平台
· 液相捕获 SeqCap EZ Choice Library
Nimblegen研发出的基于液相的捕获target的方案,可以捕获全基因组外显子区域,也可以根据研究需要捕获特定区域,捕获实验全部在EP管中完成。针对特定的研究需求,Nimblegen提供两个片段范围的捕获产品,SeqCap EZ Choice Library是针对7Mb指定区域的设计; SeqCap EZ Choice XL Library是针对50Mb以内的指定区域提供捕获方案。两种长度的定制型捕获产品,均有从12个反应至960个反应需求的6种定制反应数量规格。
· 固相捕获 Sequence Capture Arrays
NimbleGen 同时提供基于片基设计与反应的捕获技术,分为高密度捕获的2.1M芯片与低密度捕获的385K芯片,包括人类定制及非人类物种定制。除人类研究之外的物种定制液相或者固相捕获,目前可提供多达50Mb的连续或非连续序列区域的捕获定制。
技术路线
分析流程
数据分析
A. 标准信息分析
· 数据产出的统计 · 外显子区域测序深度的直方分布图 · 外显子捕获的均一性分析 · 一致性序列的获得和SNPs的检测 · SNPs的注释 · 插入和缺失(Indels)的检测 · 插入和缺失(Indels)的注释.
B. 个性化信息分析
· 氨基酸替代的预测分析
· 群体SNP的获取和等位基因频率评估
· Mendelian disorder analysis 孟德尔遗传疾病分析
· 基于新一代测序技术的全基因组关联(NGS-GWAS)分析 · 阳性信号的检测