Affymetrix  CytoScan® HD

  基因芯片技术在遗传病的检测中具有明显的技术优势,一次杂交即可对全部染色体拷贝数的变异进行检测,被越来越多的遗传学家们所应用。多个国家的行业协会如ACOG、ISCA等均推荐将基因芯片技术用于产检诊断和儿童遗传病的诊断和研究。


CytoScan® HD芯片

    CytoScan® HD芯片是Affymetrix公司基于久经考验的Genome-Wide Human SNP Array 6.0研发的,用于检测人类全基因组中已知和新发的染色体畸变的芯片,是目前密度最高的细胞遗传学芯片。

Affymetrix CytoScan DX Assay已于2014年1月获得美国FDA批准,用于与染色体异常相关的先天性疾病(如儿童发育迟缓或智力障碍德国)的检测。


产品特点:

1.业界密度最高的遗传学芯片:共能检测超过270万个生物学标记1)约75万个SNPs探针,具有99%以上的分型准确性2)约200万个拷贝数探针,均通过了基因计量效应检测筛选3)产品上市前经过3,000个样品测试

2.针对CNV检测而言,CytoScan® HD拥有业界最好的基因覆盖度以每个标记880 bases长度覆盖>36,000 RefSeq基因

3.针对癌症相关和遗传病相关基因增加覆盖度1)完全覆盖国际细胞遗传学会ISCA认可的所有基因(1标记/384 bases)2)完全覆盖癌症相关基因(1标记/553 bases)3)完全覆盖X染色体上的基因(1标记/486 bases)4)覆盖12000 OMIM基因(1标记/659 bases)

4.不但能检测基因缺失、重复,还能检测杂合性缺失和单亲二倍体(LOH/UPD)

5.独特的人类基因组骨架设计

6.最广泛的样品类型支持羊水、口腔上皮细胞、血液、新鲜冰冻组织、流产物和培养细胞等常见的样品类型。


CytoScan® HD芯片参数:

CNV检测探针数

拷贝数标记的探针总数
2,696,550
非多态性标记数量
1,953,246
SNP标记数量
743,304
基因组数据库版本
hg19
常染色体探针
2,491,915
拟常染色体探针
4,624
基因内探针
1,410,535
基因间探针
1,286,015
标记平均间隔(单位:bp

基因内(下列所有基因)
880
ISCA基因
384
癌症基因
553
OMIM Morbid 基因
659
X染色体OMIM Morbid 基因
486
RefSeq 基因
880
基因间(非基因骨架)
1,737
总体(基因和非基因骨架)
1,148
数据库覆盖情况

ISCA基因(340
100%
癌症基因(526
100%
OMIM Morbid基因(2,640
98%
X染色体OMIM Morbid基因(177
100%
RefSeq基因(36,121
96%


CytoScan® 750K芯片

    CytoScan 750K芯片是CytoScan® HD芯片的子集,为了更加符合临床诊断的需求,设计者去除了部分覆盖非基因区和多态区域的探针,针对癌基因和遗传病相关基因加密覆盖。


技术特点:

1.全基因组覆盖,重点针对细胞遗传学相关区域,750,000拷贝数标记1)200,000 SNPs探针,准确率>99%;2)550,000个独一无二,非多态性探针;

2.所有探针都精选于CytoScanHD,并经过验证试验1)所有探针都精选于>200万探针库2)上市前经过3,500个样本验证

3.针对遗传疾病相关基因和癌症相关基因增加探针覆盖1)ISCA基因每1kb就有1个标记2)癌症相关基因每1kb就有1个标记3)RefSeq基因每2kb就有1个标记4)平均覆盖度约4kb 1个标记

4.最广泛的样品类型支持羊水、口腔上皮细胞、血液、新鲜冰冻组织、流产物和培养细胞等常见的样品类型。


CytoScan® 750K芯片参数:

CNV检测探针数

拷贝数探针总数
750,436
非多态性探针数量
550,000
SNP探针数量
200,436
所有可基因分型的SNP探针
200,436
基因组数据库版本
hg19
常染色体探针
702,346
拟常染色体探针
811
基因内探针
532,850
基因间探针
217,586
标记平均间隔(单位:bp

基因内(下列所有基因)
1,737
ISCA基因
1,099
癌症基因
1,269
OMIM疾病基因
2,204
X染色体OMIM疾病基因
1,287
RefSeq 基因
1,737
基因间隔区(非基因区)
6,145
总间距(包括基因区和非基因区)
4,127
数据库覆盖情况

ISCA基因(340
100%
癌症基因(526
100%
OMIM 疾病基因(2,640
83%
X染色体OMIM疾病基因(177
93%
RefSeq基因(36,121
80%


CytoScan芯片实验流程:


数据展示:

图1:同一条染色体上的半合子缺失与获得的检测

这里显示的是:人类8号染色体的拷贝数变异。


图2:半合子缺失和嵌合体缺失的检测

上半部显示的是人类13号染色体的半合子缺失;

下半部显示的是同一个区域的嵌合体缺失。


图3:嵌合体缺失与嵌合体拷贝数不变杂合性缺失LOH

这里显示的是:人类11号染色体包含一个嵌合体缺失和一个嵌合体拷贝数不变杂合性缺失LOH。


图4:单倍体基因组中等位基因核内复制事件的检测

这里显示的分别是:四倍体、三倍体、二倍体和单倍体。

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