Affymetrix OncoScan FFPE检测CNV

　　随着已知癌基因数量的不断增加和功能的不断明确，拷贝数变异的重要性也越来越被癌症研究者重视，但是福尔马林固定石蜡包埋FFPE样本存在高度降解，获得的DNA数量非常有限，且异质性高，从这种类型的实体瘤组织中获得全基因组拷贝数和杂合性缺失的信息，对于研究者来讲，一直是一个巨大的挑战。传统的FISH和PCR技术存在分辨率低、检测位点有限的瓶颈，二代测序技术虽然也能用于突变检测，但要从异质性的FFPE样本中获得全基因组拷贝数信息，仍面临目标富集和深度测序的重大挑战。Affymetrix OncoScan FFPE检测试剂盒针对FFPE样本DNA降解特别设计，在一次实验中轻松完成CNV和LOH检测，并能检测常见的获得性突变。

产品特点：

1、基于分子倒置探针(MIP)技术，覆盖全基因组，分辨率高达300kb；

2、对大约900个癌症基因加密设计探针，提高了分辨率(50-125kb)，适用于绝大多数常见实体瘤；

3、适用于高度降解的FFPE样本，陈旧FFPE样本也有效(10年或者更久)；经7000多个样本验证，试验成功率>90%；

4、在一个试验中轻松完成拷贝数变异和杂合性缺失(LOH)检测，可检测常见的药物靶点的9个基因的74种获得性突变；CNV检测范围可以高达50拷贝；

5、专注于用药指导为主的临床转化医学研究，拷贝数变异可以用于治疗、用药指导、预后标记及诊断学标记。

芯片参数：

检测试剂盒内容：

1、OncoscanTM试剂：分子倒置探针(MIP)精确地扩增目的靶DNA。

2、OncoscanTM芯片： 2个通用标签阵列捕获扩增的靶DNA，在GCS 3000或GCS 3000Dx v.2上扫描。

3、OncoscanTM数据分析：专门为实体瘤分析开发的OncoScan™Nexus Express软件采用TuScan算法，快速、简单、易用并提供可视化视图。

数据展示：

图1. OncoscanTM Nexsus Express 软件的全基因组视图

上半部图：全部拷贝数的视图，显示检测到的扩增与缺失。这里显示的是：7号染色体的扩增和10号染色体的缺失；

下半部图：B等位基因频率带视图，显示检测到的低水平嵌合的扩增与缺失、LOH以及克隆演变的分析。这里显示的是：B等位基因频率带的分离，验证了7号染色体的扩增和10号染色体的缺失。

图2. OncoscanTM Nexsus Express 软件的染色体视图

这里显示的是：在高分辨率视野下，显示图中7号染色体EFGR基因的扩增。

亚克隆的检测与克隆演变的分析

图3. OncoscanTM Nexsus Express 软件的全基因组视图

上半部图：全部拷贝数视图能检测扩增和缺失。这里显示的是：2号染色体嵌合扩增；

下半部图：B等位基因频率带视图，显示低水平嵌合扩增和缺失、LOH和克隆演变的分析。这里显示的是：B等位基因带中间分离确认2号染色体低水平嵌合扩增。

图4：OncoscanTM Nexsus Express 软件的全基因组视图

这里显示的是：图3中2号染色体放大图。表示在约有20%的细胞中有嵌合扩增。

图5：Oncoscan^TM Nexsus Express 软件的全基因组视图

上半部图：全部拷贝数视图能检测扩增和缺失。这里显示的是：发生突变的不同细胞，可能有两组的克隆。

下半部图：B等位基因频率带视图，显示低水平嵌合扩增和缺失，LOH和克隆演变的分析。这里显示的是：B等位基因带中间分离能确认2种克隆群的存在。