仪器升级：
Hiseq 2500是Hiseq 2000的升级版。
其主要的改进点是：Hiseq 2500可以在快速、高通量两种模式之间切换。高通量模式就是原来的Hiseq2000的每张Flowcell有8个Lane的模式。
Hiseq 2500的快速模式，核心的改进是用2个Lane的Flowcell来测序，而且这种快速Flowcell的Lane比Hiseq 2000的Lane要短，数据产量也略低于高通量模式的2条Lane。
测序速度提升
Hiseq高通量模式，PE100，双Flowcell，11天完成测序。数据量每Flowcell在270G PF data以上。
Hiseq快速模式，PE100，双Flowcel，27小时完成测序。数据量每Flowcell在60G PF data以上。
每张Flowcell的数据产量下调后，用户凑够一张Flowcell上机样本量的准备时间大大缩减。这简接地提升了测序的速度，缩短的程度可能是从原来一个月的凑样时间缩短到一周，甚至几天。
测序速度的加快对于临床诊断、疾病预防之类的检测有巨大的意义。
数据质量提升
快速模式下，Hiseq机器可以更快地拍完一个cycle的所有照片，也就是每个cycle的用时更少。SR50可以在1天内走完，PE100可以在27小时内走完。这明显比原来的SR50要3天、PE100要11天来得快得多。
在速度加快的同时，还带来质量的提升。因为Hiseq测序过程中有两个主要的物质：酶和荧光剂，而这两者都是在常温下不稳定的，或者说是在融化后（原来是冰冻保存的）随放置的时间延长 而不断降解（为此Hiseq还为试剂内置了4度小冰箱，以减慢其降解）。
原来的Hiseq 2000要走11天，现在快速模式27小时完成，这带来了明显的测序质量提升。
实测哺乳类动物的基因组DNA文库， Q30比例可以达到90%以上。
测长提升
因为测序质量的提升，也带动测序长度的提升，目前Illumina官方支持的Hiseq2500的测长是PE 2*150。
特别需要注意的，Illumina目前不直接提供PE150的试剂，客户要用1*PE Cluster kit + 1*PE100 SBS kit + 2*SR50 SBS kit合并起来，才能测PE150。
容纳更多文库
Hiseq 2500的快速模式试剂直接支持双Index测序模式，也就是测216个cycles。
双Index是指两个接头各有一个Index。这样两套Index排列组合，一个Lane里可以放更多的文库。目前Illumina官方试剂是支持96个排列组合（ 12*8 = 96），这对充分利用Hiseq平台巨大 的测序数据产量有很大的帮助。原来的单Index是支持单侧24种Index。
Hiseq PE100高通量模式标准PE100试剂只能测单Index。因为双Index会实际需要216cycles, 这超过了200 cycle SBS标准试剂可以保证的cycle数（208 cycles）。
当然，Hiseq2000b也可以测双Index，但是要用4个50cycles SBS kit（每Kit保证58个cycles）拼起来（58*4=232 cycles），才可以保证有足够的SBS试剂量。
仪器操作更方便
Hiseq 2500快速模式可以直接在Hiseq仪上进行Cluster生成，这比起高通量模式是省事得多。高通量模式要在cBOT上生成Cluster，接着再要将Flowcell从cBOT上移到Hiseq，再在Hiseq 上操作一遍。
但是请注意，如果直接在Hiseq 2500上生成cluster，两条Lanes就只能上一种预混合文库，而不能象原来的Hiseq 高通量模式上那样，8条Lanes物理分开。也就是说预混合文库中的各个文 库的Index一定是要分得开的才行。
当然，快速模式也可以还用cBOT生成cluster，但是那要另外买一个编号为CT-402-4001（全名：TruSeq®Rapid Duo cBot™ Sample Loading Kit ）的试剂盒，这个试剂盒要好几百美 元。将直接增加额外的测序成本。
试剂操作更方便
Hiseq 2500快速模式的试剂是做成MasterMix的，也就是酶、Buffer、荧光dNTP等都预先混合好了，一大管，拿来一化冻就可以用，很方便。
而高通量模式试剂把酶、荧光dNTP分几管的，所以使用之前还要人工再混合，这样会多占用一点人工。
Hiseq 2500仪器更贵
据公开资料，Hiseq 2500的报价比Hiseq2000的贵5~8万美元（不同国家略有差异）。Hiseq2500的美国报价是74万美元，Hiseq 2000的美国报价是69万美元。请参见参考资料（下有链接）。
快速模式的试剂更贵
把试剂的价格分摊到其所产生的每个G的数据，快速模式比高通量模式的大约贵了15~40%。
Hiseq 2500的两个机位同时只能运行一种模式
Hiseq 2500在一台机器的两个机位同时只能跑同一种模式，也就是要么都跑快速模式，要么都跑高通量模式，而不能一个机位跑快速模式，另一个机位同时跑高通量模式。
总之Hiseq 2500是Hiseq的一个重要升级，升级后：更快、更准、更长、更方便、更高效（容纳更多文库），同时也略贵一些。
参考资料
Illumina官方网站：http://www.illumina.com.cn/systems/hiseq_systems/hiseq_2500_1500/performance_specifications.asp
yuzuki网站：
http://www.yuzuki.org/the-ion-torrent-proton-compared-to-the-illumina-hiseq-2500/
biomedcentral：
http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2164-13-341.pdf
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