最新NCBI数据上传流程（一）

转录组&多样性&宏组学高通量数据上传流程

步骤一：进入 NCBI 首页，注册账号并激活，登陆 NCBI

步骤二：进入数据上传页面，选择 SRA 数据库

步骤三： 点击 New submission，新建上传

步骤四：填写上传者个人信息，带 * 的必填，Continue 下一步

步骤五：确定是否已新建 Bioproject、Biosample 及数据释放时间（由于 NCBI 的页面会不定期更新，请老师仔细阅读选项内容进行选择，此处选择没有 Bioproject、Biosample, 并设定数据释放日期），Continue 下一步

步骤六：填写项目信息（标题与描述），带*的必填，Continue 下一步

步骤七：选择 Biosample 类型（以动物样本为例），Continue 下一步

步骤八：完善 Biosample 信息

1、网页在线编辑

2、上传表格文件

填表注意事项：

A)*为必填项；

B)**、†† 或 ‡‡ 为相同标记至少填一项；

C) 每列内容需符合相应格式，点击相应表格或下载查阅帮助文档会有相关填写提示；

例如：

环境样本有一列“organiam”必填，需要按指定格式填写“样本来源+metagenome”；

环境样本有一列“Collection date”必填，若没有记录采样时间，则填“missing”，若有样本采集时间需要填写，需要按表格指定的格式来填写，如“2018年3月10日”可以以“10-May-2018”格式来填写；

D) 信息不全可填missing，not collected 。

步骤九：完善 Metadata 信息（类比Biosample 信息填写）

1、网页在线编辑

2、上传表格文件

3、表格参数选填（仅供参考）

*注：instrument_model信息请与测序公司确认

步骤十：上传数据

单端测序的要求每个样本对应一个 fq 文件，双端测序的要求每个样品对应 2 个 fq 文件

1、网页 http 上传

2、软件 Aspera 下载

3、软件 Aspera 上传

完整命令演示：

Step1：cd   C:\Users\biozeron\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin【IBM Aspera软件所在位置】

Step2：ascp -i D:\RNA-seq\toNCBI\aspera.openssh【key file路径】 -QT -l100m -k1 -d D:\RNA-seq\toNCBI\RawData【数据文件夹路径】subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/t_BIOZERON_sohu.com_YVQkVDFb

步骤十一：检查信息填写是否正确并进行提交

步骤十二：查看 SRA 号用于文章发表