IF：29，空间转录组+空间蛋白组，科学家首次界定DLBCL特异空间微环境

空间转录组学（CosMx SMI）：作为发现引擎

  • 核心作用：提供单细胞分辨率的基因表达数据，同时保留细胞在组织中的原始位置。这是研究能够进行高分辨率细胞分型（识别出19种细胞状态）和后续所有空间分析（如细胞邻域、生态位定义、细胞间通讯）的基础。

  • 优势：转录组信息量大，能发现新的细胞状态和功能通路。

空间蛋白质组学（CODEX）：作为验证和拓展工具

  • 核心作用：在蛋白质水平上验证CosMx定义的细胞类型是否准确。同时，由于其使用独立的抗体panel，能提供转录组未覆盖的蛋白质信息（如Granzyme B, Ki67等关键功能蛋白）。

  • 优势：蛋白质是功能的直接执行者，提供更直接的生物学证据。例如，用CODEX图像显示Granzyme B+ CD8+ T细胞的存在，为转录组发现的“细胞毒性”表型提供了蛋白质层面的实证。

整合方式：研究在相同的组织微阵列（TMA）样本上进行，这使得两者可以相互印证同一块肿瘤组织的整体情况。

实验设计：

      作者从78例大B细胞淋巴瘤和5例对照（4例扁桃体，1例淋巴结）切除活检样本中组装了六个组织芯片（TMA）。每个TMA样本都进行了 CosMx平台（1K基因面板），以及空间蛋白质组学CODEX（31抗体的面板）（图a）。

      CosMx平台的分析中保留了1,322,740个高质量、可表征的细胞，无监督聚类识别出了七个主要细胞类型（图 b），这些细胞类型通过经典标志基因进行确认（图 c）。作者进一步通过使用CODEX蛋白质组学方法对相同的TMA进行验证，而非使用连续切片，对CODEX核心区域的所有细胞与CosMx视野（FOV）中所有细胞的细胞频率进行比较（图 d）。两种技术均确认了样本之间细胞组成和组织结构的高度异质性（图 d）。
部分分析：Niche-specific cell–cell communication
        作者对位于CN1（T细胞富集）、CN3（类单核细胞富集）和CN5（肿瘤B细胞富集）的T细胞之间的基因表达差异进行了有监督的分析。后续还进行了细胞间通讯分析。

在CN1（T细胞CN）中：T细胞表现出高细胞毒性标记物表达和低衰竭标记物表达，处于“预备激活”状态。这种状态由APOE+C1Q+巨噬细胞、肿瘤B细胞和滤泡网状细胞分泌的多种趋化因子（如CXCL9, CCL5）所招募和维持。

在CN5（肿瘤富集CN）和CN3（髓系富集CN）中：T细胞则高表达如PD-1, TIGIT等衰竭标记物，功能受到抑制。细胞通讯分析显示，这些龛内存在强烈的PD-L1-PD-1等抑制性信号通路。

在CN5中的肿瘤细胞：更高表达细胞周期和增殖相关基因（如TOP2A），且与基质细胞（FRCs）之间存在强烈的CXCL12-CXCR4相互作用，类似于正常生发中心暗区的微环境。

在CN6（弥漫CN）中的肿瘤细胞：增殖活性较低，更多地与免疫细胞接触。

EBV阳性DLBCL中存在功能失调但被激活的T细胞

与EBV阴性病例相比，EBV阳性DLBCL中CN1和CN7的比例更高，T细胞浸润更显著。然而，尽管这些T细胞表现出强烈的细胞毒性和增殖活性，但它们同时高表达多种衰竭标志物（如HAVCR2/TIM-3, PD-1），呈现“慢性激活伴功能失调”的状态。这表明EBV阳性DLBCL可能对免疫检查点抑制剂等免疫疗法更敏感。

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